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万見
- PDB-4zqw: CdiI from Escherichia coli EC869 in complex with a macrocyclic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqw
タイトルCdiI from Escherichia coli EC869 in complex with a macrocyclic peptide
要素
  • Immunity protein CdiI-o11
  • macrocyclic peptide
キーワードtoxin/inhibitor / Immunity / macrocycle / TOXIN / toxin-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease I activity / : / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CDI toxin, EC869-like / Immunity protein CdiI, Proteobacteria type / Immunity protein Cdil-like superfamily / CDI immunity protein / NMB0488-like fold / NMB0488-like / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
macrocyclic peptide / Deoxyribonuclease CdiA-o11 / Immunity protein CdiI-o11
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Morse, R.P. / Goulding, C.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102318 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Diversification of beta-Augmentation Interactions between CDI Toxin/Immunity Proteins.
著者: Morse, R.P. / Willett, J.L. / Johnson, P.M. / Zheng, J. / Credali, A. / Iniguez, A. / Nowick, J.S. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W.
履歴
登録2015年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02019年3月27日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.type
改定 2.12019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Immunity protein CdiI-o11
A: macrocyclic peptide
D: Immunity protein CdiI-o11
C: macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4886
ポリマ－43,4174
非ポリマー712
水2,378132
1
B: Immunity protein CdiI-o11
A: macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7443
ポリマ－21,7092
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
2
D: Immunity protein CdiI-o11
C: macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7443
ポリマ－21,7092
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.779, 128.166, 44.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Immunity protein CdiI-o11


分子量: 20238.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (strain EC869) (大腸菌)
株: EC869 / 遺伝子: cdiI4, cdiIo11, ECH7EC869_5884 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3BM81
#2: タンパク質・ペプチド macrocyclic peptide


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1469.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: macrocyclic peptide, UniProt: B3BM80*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M bis-tris propane, pH 6.9, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23561 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェルMean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.001→34.811 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 2004 8.52 %
Rwork0.1838 --
obs0.1878 23526 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→34.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 2 132 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2223885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7111063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0012-2.05130.31941290.25671422X-RAY DIFFRACTION88
2.0513-2.10670.28121360.23031494X-RAY DIFFRACTION96
2.1067-2.16870.30741350.22531498X-RAY DIFFRACTION93
2.1687-2.23870.29111400.22831509X-RAY DIFFRACTION96
2.2387-2.31870.26911440.21711524X-RAY DIFFRACTION95
2.3187-2.41150.26391470.20461503X-RAY DIFFRACTION96
2.4115-2.52120.26591440.21521555X-RAY DIFFRACTION96
2.5212-2.65410.29861390.20741545X-RAY DIFFRACTION97
2.6541-2.82030.23671460.22021540X-RAY DIFFRACTION98
2.8203-3.0380.29091490.20371570X-RAY DIFFRACTION98
3.038-3.34350.22891450.18781561X-RAY DIFFRACTION99
3.3435-3.82680.19681500.16981605X-RAY DIFFRACTION99
3.8268-4.81930.16591460.14621584X-RAY DIFFRACTION100
4.8193-34.8160.22811540.16171612X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52962.19750.62467.42291.3666.378-0.0184-0.01210.0798-0.0023-0.0224-0.08330.31550.23740.01920.19260.0223-0.0550.24110.03590.26818.959516.67833.5213
22.1131-0.2451-1.76588.7273-1.3391.8814-0.0629-0.31830.37190.07150.2174-0.53220.08410.1797-0.15570.2393-0.0236-0.14090.3391-0.00850.349321.401523.07835.4925
34.0247-0.0021.13324.9529-0.03617.17960.02620.051-0.0358-0.2943-0.0010.40860.31-0.3431-0.03360.2463-0.0394-0.08690.23480.03520.318710.830513.00051.5073
47.991.0087-5.64862.8153-0.17868.76710.2852-0.11050.620.0533-0.15050.1561-0.3420.2046-0.1210.3908-0.0061-0.13070.33390.08320.63487.08223.07182.5818
53.21311.19110.24226.52320.15034.83260.0198-0.18560.08660.14750.00680.4038-0.4106-0.3496-0.03150.20630.02710.07320.2643-0.02080.2495-2.78747.48344.9375
68.11063.39243.55777.5963-4.12946.67360.13540.1866-1.3118-0.4660.7307-0.0385-0.33140.2321-0.860.35780.00250.08390.266-0.07260.6376-0.84629.42850.0594
73.376-0.6779-1.26074.67870.97076.966-0.04090.3753-0.1019-0.6964-0.0083-0.3692-0.08790.29390.05410.2978-0.05370.10970.2938-0.05040.33356.645349.0289-3.1255
85.4434-0.0589-0.09495.175-1.4064.91410.2173-0.69710.34710.6284-0.0649-0.2866-0.73050.4667-0.1980.4671-0.12470.06940.3918-0.15240.33915.783356.412412.1278
96.29660.81073.94442.1654-0.9166.37710.0727-0.2804-0.771-0.06090.009-0.2217-0.114-0.1576-0.0660.3820.0430.16080.3312-0.04630.635710.29441.19692.5905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 48 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 77 through 168 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 13 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 2 through 67 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 68 through 76 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 77 through 138 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 139 through 168 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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