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- PDB-3qay: Catalytic domain of CD27L endolysin targeting Clostridia Difficile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qay
タイトルCatalytic domain of CD27L endolysin targeting Clostridia Difficile
要素Endolysin
キーワードLYASE / Amidase a/b fold
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zn-dependent exopeptidases / : / Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium phage phiCD27 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mayer, M.J. / Garefaliki, V. / Spoerl, R. / Narbad, A. / Meijers, R.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Structure-based modification of a Clostridium difficile-targeting endolysin affects activity and host range.
著者: Mayer, M.J. / Garefalaki, V. / Spoerl, R. / Narbad, A. / Meijers, R.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
C: Endolysin
D: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,84022
ポリマ－80,2484
非ポリマー1,59118
水20,5731142
1
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4125
ポリマ－20,0621
非ポリマー3504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5076
ポリマ－20,0621
非ポリマー4455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4125
ポリマ－20,0621
非ポリマー3504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5076
ポリマ－20,0621
非ポリマー4455
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.507, 69.737, 78.818
Angle α, β, γ (deg.)101.72, 102.00, 105.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Endolysin


分子量: 20062.072 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phage phiCD27 (ファージ)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: B6SBV8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M LiSO4, 20 % PEG 4000, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月6日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.87→20 Å / Num. all: 58273 / Num. obs: 50589 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 69.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XOV

1xov


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 10.646 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24571 2166 5 %RANDOM
Rwork0.18383 ---
obs0.18698 41298 91.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.81 Å2-0.38 Å2
2---0.99 Å2-0.11 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5620 0 74 1142 6836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9831.9887748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74939756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.625716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82125.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87151104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9181520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3171.53556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0631.51480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60225708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98832208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.624.52040
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 147 -
Rwork0.197 2875 -
obs--85.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7735-0.2894-0.07651.1458-0.10421.4037-0.0155-0.02520.0143-0.0115-0.01630.01550.02050.01670.03180.00670.00530.00630.0342-0.0070.01280.142-0.378-0.299
20.70050.1742-0.05240.87390.12561.25040.0016-0.03560.02070.008-0.04550.00930.0461-0.01550.04380.00320.00450.00280.0322-0.00610.011-20.599-20.31236.408
30.69330.28690.00721.4289-0.13221.28230.00770.0246-0.02410.04280.0007-0.0245-0.0233-0.0021-0.00850.00420.0083-0.00490.0286-0.01050.02061.264-53.46136.945
40.6932-0.3785-0.01091.69870.17440.83470.01720.0180.0258-0.0457-0.0234-0.04260.0074-0.00580.00620.02870.01080.00050.0254-0.00470.018414.457-33.5010.468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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