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Yorodumi- PDB-4zqu: CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Yersinia pseudotuber... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zqu | ||||||
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Title | CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Yersinia pseudotuberculosis | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / immunity / complex / endonuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information deoxyribonuclease I activity / : / toxin activity / Hydrolases; Acting on ester bonds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pseudotuberculosis serotype O:3 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Rubislaw str. ATCC 10717 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Morse, R.P. / Johnson, P.M. / Credali, A. / Goulding, C.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2015 Title: Diversification of beta-Augmentation Interactions between CDI Toxin/Immunity Proteins. Authors: Morse, R.P. / Willett, J.L. / Johnson, P.M. / Zheng, J. / Credali, A. / Iniguez, A. / Nowick, J.S. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zqu.cif.gz | 135.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zqu.ent.gz | 104.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zqu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/4zqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/4zqu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4zqvC 4zqwC 4g6uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13692.605 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pseudotuberculosis serotype O:3 (strain YPIII) (bacteria) Strain: YPIII / Gene: YPK_0575 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A7FE33, UniProt: A0A0H3B0B8*PLUS | ||
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#2: Protein | Mass: 21023.867 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Rubislaw str. ATCC 10717 (bacteria) Gene: SEERU717_10215 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0R4I987*PLUS | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 50 mM HEPES, pH 7, 20% PEG 3350, 1% tryptone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 15, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.09→46.49 Å / Num. obs: 18152 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.5 % / Net I/σ(I): 10 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4G6U Resolution: 2.09→46.49 Å / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.18 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→46.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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