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万見
- PDB-4zqs: New compact conformation of linear Ub2 structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqs
タイトルNew compact conformation of linear Ub2 structure
要素ubiquitin
キーワードPROTEIN BINDING / New compact conformation / linear polyubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex ...Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Translesion synthesis by POLK / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Negative regulation of FGFR3 signaling / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Negative regulation of FGFR2 signaling / Stabilization of p53 / Negative regulation of FGFR4 signaling / Degradation of AXIN / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Regulation of TNFR1 signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / EGFR downregulation / Termination of translesion DNA synthesis / Degradation of GLI1 by the proteasome / G2/M Checkpoints / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Iron uptake and transport / Hedgehog ligand biogenesis / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Assembly Of The HIV Virion
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Thach, T.T. / Shin, D. / Han, S. / Lee, S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education2013R1A1A2059981 韓国
Korea government2012-0009597 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: New conformations of linear polyubiquitin chains from crystallographic and solution-scattering studies expand the conformational space of polyubiquitin.
著者: Trung Thanh Thach / Donghyuk Shin / Seungsu Han / Sangho Lee /
要旨: The conformational flexibility of linkage-specific polyubiquitin chains enables ubiquitylated proteins and their receptors to be involved in a variety of cellular processes. Linear or Met1-linked ...The conformational flexibility of linkage-specific polyubiquitin chains enables ubiquitylated proteins and their receptors to be involved in a variety of cellular processes. Linear or Met1-linked polyubiquitin chains, associated with nondegradational cellular signalling pathways, have been known to adopt multiple conformations from compact to extended conformations. However, the extent of such conformational flexibility remains open. Here, the crystal structure of linear Ub2 was determined in a more compact conformation than that of the previously known structure (PDB entry 3axc). The two structures differ significantly from each other, as shown by an r.m.s.d. between C(α) atoms of 3.1 Å. The compactness of the linear Ub2 structure in comparison with PDB entry 3axc is supported by smaller values of the radius of gyration (Rg; 18 versus 18.9 Å) and the maximum interatomic distance (Dmax; 55.5 versus 57.8 Å). Extra intramolecular hydrogen bonds formed among polar residues between the distal and proximal ubiquitin moieties seem to contribute to stabilization of the compact conformation of linear Ub2. An ensemble of three semi-extended and extended conformations of linear Ub2 was also observed by small-angle X-ray scattering (SAXS) analysis in solution. In addition, the conformational heterogeneity in linear polyubiquitin chains is clearly manifested by SAXS analyses of linear Ub3 and Ub4: at least three distinct solution conformations are observed in each chain, with the linear Ub3 conformations being compact. The results expand the extent of conformational space of linear polyubiquitin chains and suggest that changes in the conformational ensemble may be pivotal in mediating multiple signalling pathways.
履歴
登録2015年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ubiquitin
B: ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0782
ポリマ－35,0782
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.711, 40.973, 47.580
Angle α, β, γ (deg.)94.780, 92.560, 99.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ubiquitin / linear Ub2


分子量: 17539.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / プラスミド: parallel GST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CG48
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.1M magnesium acetate, 20% PEG 3350, 20% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21562 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq


解像度: 1.804→32.232 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 1961 9.29 %
Rwork0.1957 --
obs0.1991 21109 94.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.35 Å2 / Biso mean: 29.7549 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.804→32.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2366 0 0 219 2585
Biso mean---37.96 -
残基数----298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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