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- PDB-4zpy: Structure of N170A MVM mutant empty capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zpy
タイトルStructure of N170A MVM mutant empty capsid
要素VP1 protein
キーワードVIRUS / minute virus of mice / empty capsid / N170A mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / VP1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine minute virus strain MVM prototype (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Guerra, P. / Querol-Audi, J. / Silva, C. / Mateu, M.G. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for biologically relevant mechanical stiffening of a virus capsid by cavity-creating or spacefilling mutations.
著者: Guerra, P. / Valbuena, A. / Querol-Audi, J. / Silva, C. / Castellanos, M. / Rodriguez-Huete, A. / Garriga, D. / Mateu, M.G. / Verdaguer, N.
履歴
登録2015年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2031
ポリマ－61,2031
非ポリマー00
水00
1
A: VP1 protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,672,18360
ポリマ－3,672,18360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation54
crystal symmetry operation17_434x-y-2/3,-y-4/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation16_544y+1/3,x-1/3,-z-1/31
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1 protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 306 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,0155
ポリマ－306,0155
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1 protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 367 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,2186
ポリマ－367,2186
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
単位格子
Length a, b, c (Å)410.190, 410.190, 559.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.3077, -0.179, 0.9345), (0.1751, 0.976, 0.1293), (-0.9352, 0.1238, 0.3317)44.92, 6.323, -32.7
3generate(-0.8094, -0.1132, 0.5762), (0.1061, 0.9369, 0.333), (-0.5776, 0.3307, -0.7464)27.3, 16.06, -84.46
4generate(-0.8098, 0.1104, -0.5762), (-0.1106, 0.9358, 0.3348), (0.5762, 0.3348, -0.7456)-27.66, 16.18, -83.83
5generate(0.3074, 0.1803, -0.9343), (-0.1819, 0.9749, 0.1283), (0.934, 0.1305, 0.3325)-44.78, 6.083, -31.71
6generate(-1, -0.001495, 0.000641), (-0.001541, 0.7447, -0.6674), (0.000521, -0.6674, -0.7447)-0.1185, -122.8, -320.9
7generate(-0.311, 0.1797, -0.9333), (0.7539, 0.6446, -0.1271), (0.5787, -0.7431, -0.336)-44.7, -96.31, -301
8generate(0.8089, 0.1133, -0.5769), (0.465, 0.4771, 0.7458), (0.3597, -0.8715, 0.3333)-27.33, -54.36, -268.6
9generate(0.8085, -0.1109, 0.5779), (-0.4682, 0.4737, 0.7459), (-0.3565, -0.8737, 0.3311)27.72, -54.78, -269.3
10generate(-0.3104, -0.1826, 0.9329), (-0.7586, 0.639, -0.1273), (-0.5728, -0.7472, -0.3369)44.25, -97.12, -301.6
11generate(-1, -0.003132, 0.000154), (0.003132, -1, 0.000359), (0.000153, 0.00036, 1)-0.3968, -236.7, 93.49
12generate(-0.31, 0.1806, -0.9334), (-0.1758, -0.9757, -0.1304), (-0.9343, 0.1237, 0.3342)-44.62, -243.3, 60.93
13generate(0.8091, 0.1126, -0.5768), (-0.1069, -0.9369, -0.3328), (-0.5779, 0.331, -0.746)-27.43, -252.9, 9.003
14generate(0.8096, -0.1129, 0.576), (0.1089, -0.9354, -0.3364), (0.5768, 0.3351, -0.745)27.34, -253.1, 9.654
15generate(-0.3097, -0.1807, 0.9335), (0.1823, -0.9749, -0.1282), (0.9332, 0.1304, 0.3349)44.6, -242.9, 61.87
16generate(1, 0.002478, -0.000541), (0.002206, -0.745, 0.6671), (0.00125, -0.6671, -0.745)0.3021, -114, -227.6
17generate(0.3103, -0.1778, 0.9339), (-0.7535, -0.645, 0.1276), (0.5797, -0.7432, -0.3341)45.04, -140.5, -207.5
18generate(-0.8085, -0.1127, 0.5777), (-0.4658, -0.4776, -0.745), (0.3598, -0.8713, 0.3336)27.55, -182.5, -175.3
19generate(-0.8092, 0.1083, -0.5774), (0.4685, -0.4741, -0.7455), (-0.3545, -0.8738, 0.3329)-28.05, -182.1, -175.8
20generate(0.3096, 0.1804, -0.9336), (0.7582, -0.6394, 0.1278), (-0.5738, -0.7474, -0.3348)-44.63, -139.7, -208.1

-
要素

#1: タンパク質 VP1 protein / Capsid protein VP1 / Coat protein VP1


分子量: 61203.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine minute virus strain MVM prototype (ウイルス)
遺伝子: VP1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q84367, UniProt: P03137*PLUS

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD, NaCl, NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→49.93 Å / Num. obs: 176252 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.8-3.879.90.7892.40.766197.7
20.81-49.9310.30.07624.50.985193

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.8データスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z14

1z14


解像度: 3.8→49.9 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2891 -
Rwork0.2825 -
obs-345341
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4314 0 0 0 4314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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