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- PDB-4zo0: X-ray Structure of AAV-2 Origin Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zo0
タイトルX-ray Structure of AAV-2 Origin Binding Domain
要素Protein Rep68
キーワードHYDROLASE / DNA binding protein / Adeno-Associated Virus / HUH nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA replication / DNA helicase / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / : / Rep protein catalytic domain like / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. ...Rep protein catalytic-like / : / Rep protein catalytic domain like / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Protein Rep68
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Musayev, F.N. / Zarate-Perez, F. / Escalante, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM092854 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Studies of AAV2 Rep68 Reveal a Partially Structured Linker and Compact Domain Conformation.
著者: Musayev, F.N. / Zarate-Perez, F. / Bardelli, M. / Bishop, C. / Saniev, E.F. / Linden, R.M. / Henckaerts, E. / Escalante, C.R.
履歴
登録2015年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rep68
B: Protein Rep68
C: Protein Rep68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6927
ポリマ－72,5593
非ポリマー1334
水5,675315
1
A: Protein Rep68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2713
ポリマ－24,1861
非ポリマー842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein Rep68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2112
ポリマ－24,1861
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein Rep68
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2112
ポリマ－24,1861
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.360, 154.400, 38.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

21A-687-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein Rep68


分子量: 24186.441 Da / 分子数: 3 / 断片: Origin Binding Domain (UNP residues 1-206) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 2 (isolate Srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス)
株: isolate Srivastava/1982 / 遺伝子: Rep68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P03132, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Isopropanol, Sodium acetate, Magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 50960 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M55

1m55


解像度: 2.3→29.724 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 2545 4.99 %
Rwork0.2253 --
obs0.2261 50955 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 7 315 5028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0224836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4286595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.011737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.157738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34420.34141380.27592577X-RAY DIFFRACTION99
2.3442-2.39210.30541550.24772634X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.44410.28181330.24942702X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.50090.28271330.25532620X-RAY DIFFRACTION100
2.5009-2.56340.26571350.24722670X-RAY DIFFRACTION100
2.5634-2.63270.29481560.24162633X-RAY DIFFRACTION100
2.6327-2.71010.25251230.25012666X-RAY DIFFRACTION100
2.7101-2.79750.28671350.25612698X-RAY DIFFRACTION100
2.7975-2.89740.24971350.25372642X-RAY DIFFRACTION100
2.8974-3.01330.25431570.2392676X-RAY DIFFRACTION100
3.0133-3.15030.22571610.242640X-RAY DIFFRACTION100
3.1503-3.31620.27391450.23542702X-RAY DIFFRACTION100
3.3162-3.52360.27411400.22842725X-RAY DIFFRACTION100
3.5236-3.79520.24551180.22872695X-RAY DIFFRACTION100
3.7952-4.17620.21861610.20742695X-RAY DIFFRACTION100
4.1762-4.77840.2261680.1852723X-RAY DIFFRACTION100
4.7784-6.0120.18821210.20612789X-RAY DIFFRACTION100
6.012-29.72630.21851310.22442923X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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