+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6faq | ||||||
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Title | Structure of H. salinarum RosR (vng0258) grown from KBr | ||||||
Components | DNA binding protein | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium | ||||||
Function / homology | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / BROMIDE ION / PadR family transcription regulator RosR Function and homology information | ||||||
Biological species | Halobacterium salinarum (Halophile) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Shaanan, B. / Kutnowski, N. | ||||||
Funding support | Israel, 1items
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Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2018 Title: The 3-D structure of VNG0258H/RosR - A haloarchaeal DNA-binding protein in its ionic shell. Authors: Kutnowski, N. / Shmuely, H. / Dahan, I. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6faq.cif.gz | 176.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6faq.ent.gz | 117.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6faq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6faq_validation.pdf.gz | 7.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6faq_full_validation.pdf.gz | 7.4 MB | Display | |
Data in XML | 6faq_validation.xml.gz | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6faq_validation.cif.gz | 17.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6faq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6faq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14554.919 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Halobacterium salinarum NRC-1 Source: (gene. exp.) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (Halophile) Gene: VNG_0258H / Production host: Haloferax volcanii (archaea) / References: UniProt: Q9HSF4 #2: Chemical | ChemComp-BR / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.61 % / Description: Monoclinic |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: KBR, MES, AMMONIUM SULFATE, PH 6.8, EVAPORATION, TEMPERATURE 298K PH range: 6-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.91508 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2013 / Details: Monochromator |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91508 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→39.69 Å / Num. obs: 33425 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/av σ(I): 5.4 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 5717 / CC1/2: 0.797 / Rpim(I) all: 0.73 / Rrim(I) all: 0.88 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: SAD DERIVED MODEL IN NACL Resolution: 1.95→38.2 Å / SU ML: 0.2862 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 24.9923 Details: RESIDUES 1-10 IN BOTH CHAINS ARE PREDICTED TO BE NATIVELY DISORDERED. RESIDUES 70-76 IN BOTH CHAINS BELONG TO THE WING DOMAIN WHICH IS NOTORIOUSLY FLEXIBLE.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→38.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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