PDB-5hx9: Crystal structure of Beta-lactamase from Burkholderia vietnamiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hx9

タイトル

Crystal structure of Beta-lactamase from Burkholderia vietnamiensis

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / beta-lactamase / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Beta-lactamase from Burkholderia vietnamiensis
著者: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hx9.cif.gz	121.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hx9.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w4qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u5p-1 3gek-2 6faq-d 6ni1-1 6jw9-2 6f5c-d 6jw9-1 2132 2ghu-4 3pd0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.500, 63.310, 99.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29416.162 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア) 株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_5125 / プラスミド: BuviA.00104.b.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JP73, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus Screen E8: 0.12 M Ethylene Glycols (equimolar mix of di- tri- tetra- and penta-ethylene glycol) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (Na Hepes and MOPS acid), 50% Precipitant mix 4 (25% MPD, ...詳細: Morpheus Screen E8: 0.12 M Ethylene Glycols (equimolar mix of di- tri- tetra- and penta-ethylene glycol) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (Na Hepes and MOPS acid), 50% Precipitant mix 4 (25% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350); BuamA.00078.a.B1.PS02512 at 52.5 mg/ml

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus Screen E8: 0.12 M Ethylene Glycols (equimolar mix of di- tri- tetra- and penta-ethylene glycol) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (Na Hepes and MOPS acid), 50% Precipitant mix 4 (25% MPD, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→39.04 Å / Num. obs: 24922 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 30.59 / Num. measured all: 240692

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85		0.524	3.56	10403	1811	1809	0.896	0.576	99.9
1.85-1.9		0.414	4.52	10565	1771	1768	0.941	0.453	99.8
1.9-1.95		0.304	6.19	10592	1697	1696	0.957	0.332	99.9
1.95-2.01		0.244	7.84	10861	1671	1669	0.972	0.265	99.9
2.01-2.08		0.19	10.32	11004	1633	1632	0.982	0.206	99.9
2.08-2.15		0.147	14.66	11971	1577	1577	0.989	0.158	100
2.15-2.23		0.123	19.12	13420	1508	1508	0.995	0.131	100
2.23-2.32		0.113	21.06	13468	1456	1456	0.996	0.12	100
2.32-2.43		0.098	23.71	13891	1423	1423	0.997	0.104	100
2.43-2.55		0.079	30.43	13939	1349	1348	0.998	0.083	99.9
2.55-2.68		0.072	32.89	14272	1281	1281	0.998	0.076	100
2.68-2.85		0.064	38.54	15476	1214	1214	0.999	0.067	100
2.85-3.04		0.056	44.95	16471	1160	1160	0.999	0.058	100
3.04-3.29		0.043	56.27	15466	1085	1085	1	0.044	100
3.29-3.6		0.032	73.25	14059	996	996	1	0.033	100
3.6-4.02		0.029	83.91	12718	905	905	1	0.03	100
4.02-4.65		0.025	88.07	11282	811	811	1	0.026	100
4.65-5.69		0.027	80.1	9624	697	697	1	0.028	100
5.69-8.05		0.029	72.25	7418	557	557	1	0.031	100
	8.05	0.022	95.61	3792	332	330	1	0.023	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2299	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W4Q

3w4q

解像度: 1.8→39.04 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	2147	8.62 %
R_work	0.1532	22774	-
obs	0.1567	24921	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.09 Å² / B_iso mean: 21.2123 Å² / B_iso min: 7.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→39.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1878	0	12	344	2234
B_iso mean	-	-	34.42	31.11	-
残基数	-	-	-	-	259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	2725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	326
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.228	1224

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.8419	0.2627	132	0.2154	1487	1619
1.8419-1.888	0.2525	153	0.1973	1491	1644
1.888-1.939	0.2119	145	0.1709	1457	1602
1.939-1.9961	0.248	149	0.1598	1497	1646
1.9961-2.0605	0.2306	121	0.1691	1516	1637
2.0605-2.1341	0.2343	140	0.1612	1485	1625
2.1341-2.2196	0.2022	150	0.1512	1509	1659
2.2196-2.3206	0.1941	139	0.1473	1508	1647
2.3206-2.4429	0.165	137	0.1491	1543	1680
2.4429-2.5959	0.189	154	0.1406	1481	1635
2.5959-2.7963	0.1881	142	0.1488	1510	1652
2.7963-3.0776	0.1646	127	0.1568	1543	1670
3.0776-3.5227	0.1779	176	0.1474	1512	1688
3.5227-4.4372	0.1856	148	0.133	1565	1713
4.4372-39.0487	0.1918	134	0.1569	1670	1804

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5844	0.1898	0.1224	2.9877	0.6293	3.8734	-0.0856	0.7106	-0.0306	-0.6594	0.1111	0.1122	0.0262	0.0871	-0.0014	0.2224	0.0401	-0.0209	0.407	-0.004	0.17	19.8654	-2.8314	-40.0251
2	2.4381	2.5513	-1.4046	2.8065	-1.4334	0.8169	-0.065	0.2266	0.3141	-0.0105	0.15	0.2046	-0.0501	-0.1198	-0.0641	0.1152	0.019	-0.008	0.1708	0.0518	0.1548	17.9284	3.4177	-28.8267
3	1.4565	-0.4731	0.3052	2.0729	0.0763	1.9638	0.0601	-0.1422	0.0113	0.308	0.1069	-0.0277	-0.0951	-0.1442	-0.1281	0.144	0.0074	0.0009	0.0857	0.0242	0.1126	20.5824	-7.6749	-2.1312
4	2.0394	0.3931	0.4147	0.97	-0.0804	2.8391	0.1595	0.0046	-0.4669	0.1798	-0.0847	-0.0989	0.3141	-0.1192	-0.059	0.2099	0.0125	-0.0457	0.1093	-0.0026	0.198	19.6199	-22.7117	-4.1227
5	1.4675	0.4328	0.4154	1.2192	-0.4136	1.482	0.042	0.1328	0.0865	0.0615	-0.0027	0.075	-0.0625	-0.095	-0.0261	0.1047	0.028	0.0151	0.0824	0.0089	0.1	14.4422	-5.8358	-13.5014
6	4.971	-0.1225	0.4362	6.5494	0.5704	5.3258	0.1038	0.0179	0.3605	0.3338	-0.1436	-0.3797	-0.3817	0.3142	0.0235	0.1597	-0.0542	-0.0256	0.1357	0.0384	0.1626	29.023	1.1994	-9.1768
7	6.8837	0.7516	2.2236	5.3009	2.3808	1.5973	0.1081	0.0732	-0.5669	0.1626	0.0698	-0.4222	0.3616	0.9085	-0.1226	0.1624	0.0814	-0.0009	0.4089	-0.0199	0.1816	33.1835	-8.7698	-27.0646
8	3.4035	1.8663	-0.2346	3.4308	-0.4659	0.9161	-0.0582	0.2738	-0.0647	-0.1557	0.0204	-0.1047	0.0394	0.2187	0.0419	0.0974	0.0289	0.0018	0.188	0.0087	0.0913	23.1928	-7.5874	-26.0878
9	6.2093	5.8426	-0.6882	5.8121	-1.0669	2.4648	-0.159	0.2363	-0.2854	-0.4463	0.023	-0.5798	-0.02	0.1668	0.0493	0.1647	0.0579	0.0406	0.2836	0.0187	0.1474	28.0902	-4.8255	-33.9701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 51 )	A	27 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 68 )	A	52 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 98 )	A	69 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 118 )	A	99 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 194 )	A	119 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 195 through 212 )	A	195 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 213 through 229 )	A	213 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 273 )	A	230 - 273
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 274 through 289 )	A	274 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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