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- PDB-3gek: Crystal structure of putative thioesterase yhdA from Lactococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gek
タイトルCrystal structure of putative thioesterase yhdA from Lactococcus lactis. Northeast Structural Genomics Consortium Target KR113
要素Putative thioesterase yhdA
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Structure Genomics / NESG / KR113 / Q9CHK5_LACLA / Lactococcus lactis / yhdA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioesterase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, R. / Lee, D. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Nair, R. / Rost, B. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, R. / Lee, D. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-Ray structure of putative thioesterase yhdA from Lactococcus lactis. Northeast Structural Genomics Consortium Target KR113
著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Seetharaman, R. / Lee, D. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Nair, R. / Rost, B. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thioesterase yhdA
B: Putative thioesterase yhdA
C: Putative thioesterase yhdA
D: Putative thioesterase yhdA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9444
ポリマ－65,9444
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative thioesterase yhdA
D: Putative thioesterase yhdA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9722
ポリマ－32,9722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area12050 Å2
手法PISA
3
B: Putative thioesterase yhdA
C: Putative thioesterase yhdA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9722
ポリマ－32,9722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-15.9 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.948, 64.056, 144.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative thioesterase yhdA


分子量: 16485.957 Da / 分子数: 4 / 変異: S23F, H44Q, S70G, L75F, S80N, S86P, C96R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
株: Il1403 / 遺伝子: L131, L131392, LL0726, yhdA / プラスミド: pET21-23c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9CHK5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% PEG 3350, 20% Ethylene glycol, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 51899 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VH5

1vh5


解像度: 2.24→46.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 15.535 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25548 1385 5 %RANDOM
Rwork0.22366 ---
obs0.2253 27547 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.98 Å20 Å20 Å2
2--4.53 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→46.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3917 0 0 49 3966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224030
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.9355399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9165506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.9526.011188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.47415710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.405159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.52604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71124020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89731581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3274.51377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 81 -
Rwork0.255 1892 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.6703 Å / Origin y: 1.2202 Å / Origin z: -17.9207 Å
111213212223313233
T-0.1249 Å2-0.0025 Å20.0119 Å2--0.2335 Å20.0082 Å2---0.2768 Å2
L4.8974 °2-0.4912 °20.1675 °2-1.4621 °2-0.6235 °2--1.6174 °2
S0.0277 Å °-0.0382 Å °-0.1478 Å °0.0911 Å °0.0216 Å °0.0718 Å °-0.0307 Å °-0.0369 Å °-0.0493 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 132
2X-RAY DIFFRACTION1A147 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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