PDB-4zj8: Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zj8

タイトル

Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective and dual antagonists

要素

human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Orexin / suvorexant / SB674042

機能・相同性

機能・相同性情報

orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Pyrococcus abyssi (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.751 Å

データ登録者

Yin, J. / Brautigam, C.A. / Shao, Z. / Clark, L. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Coleman, P. / Renger, J.J. / Rosenbaum, D.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and ligand-binding mechanism of the human OX1 and OX2 orexin receptors.
著者: Yin, J. / Babaoglu, K. / Brautigam, C.A. / Clark, L. / Shao, Z. / Scheuermann, T.H. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Roecker, A.J. / Winrow, C.J. / Renger, J.J. / Coleman, P.J. / Rosenbaum, D.M.

履歴

登録	2015年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zj8.cif.gz	223.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zj8.ent.gz	177.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zj8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zjcC 2bfwS 4s0vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zjc-d 6v9s-d 1g3j-1 5wqc-d 4eva-2 7ar4-d 1jpp-2 1th1-2 1th1-1 1jpw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#217 - 2018年1月
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類似性 (6)
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類似性 (6)
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類似性 (6)
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カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (6)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase

ヘテロ分子

64.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.242, 64.992, 181.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase 分子量: 62685.031 Da / 分子数: 1 断片: UNP O43613 residues 1-245,UNP Q9V2J8 residues 218-413,UNP O43613 residues 288-380 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 遺伝子: HCRTR1, PAB2292, PYRAB00770 / プラスミド: pFastbac1 / 株: GE5 / Orsay 詳細 (発現宿主): Molecule is an engineered fusion protein in which the 196-amino-acid catalytic domain of Pyroccus abysii glycogen synthase replace 31 residues at the intracellular loop 3 (ICL3) ...詳細 (発現宿主): Molecule is an engineered fusion protein in which the 196-amino-acid catalytic domain of Pyroccus abysii glycogen synthase replace 31 residues at the intracellular loop 3 (ICL3) of the human OX1 orexin receptor 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O43613, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物	ChemComp-SUV / [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone / suvorexant / スボレキサント分子量: 450.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃ClN₆O₂ / コメント: 薬剤, アンタゴニスト*YM
#3: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.4 詳細: 100mM Sodium Citrate pH 5.4, 31% PEG 400, 200 mM Sodium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→43.75 Å / Num. obs: 20480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Blu-Ice	dev_1951	データ収集
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S0V,2BFW

4s0v

2bfw

解像度: 2.751→43.714 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2725	828	5.31 %	Random selection
R_work	0.2227	-	-	-
obs	0.2254	15601	77.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.751→43.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4027	0	90	18	4135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.732	5684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.833	1557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	628
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7506-2.9229	0.3273	33	0.2665	832	X-RAY DIFFRACTION	26
2.9229-3.1485	0.3463	87	0.2778	1521	X-RAY DIFFRACTION	48
3.1485-3.4652	0.3271	157	0.2627	2741	X-RAY DIFFRACTION	88
3.4652-3.9663	0.2689	175	0.2229	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9663-4.996	0.2471	182	0.1977	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
4.996-43.7199	0.2544	194	0.211	3332	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1557	0.95	2.4819	7.364	-2.0781	7.4378	0.2609	-0.6163	1.0537	0.5571	-0.0735	0.3984	-0.8118	-0.5519	-0.1853	0.5932	0.157	-0.0182	0.3637	-0.1458	0.4368	-2.3805	1.218	-82.1274
2	8.5913	0.0238	5.4052	2.9007	2.2672	5.9696	0.5769	0.5785	0.495	-0.9102	0.3292	-0.135	1.2651	-0.7885	-0.9465	1.4435	-0.5146	0.2574	1.3972	-0.1759	0.7543	12.5585	3.5801	-63.3248
3	0.4298	-0.3043	-0.2333	0.8126	0.5973	0.5227	0.0346	-0.1393	-0.1569	0.2562	0.0613	-0.1265	0.4761	0.0491	0.1257	0.5315	0.055	0.0109	0.4097	-0.3103	-0.0069	-4.5206	-3.2858	-40.1631
4	8.4744	-1.9704	-1.5041	2.5677	-3.3175	6.6408	-0.5526	-1.0383	-0.895	1.3843	0.0988	0.7855	1.8147	-1.2828	0.4352	1.1057	-0.284	0.2479	0.79	-0.0788	0.5207	-16.3476	-5.1431	-27.8882
5	1.8048	0.8947	3.6063	3.7982	0.7128	7.7673	0.0285	0.3846	-0.1783	-0.6415	0.1267	0.0871	0.1608	0.3858	-0.1461	0.384	-0.0571	0.0068	0.7022	-0.403	0.5438	-18.3198	-4.7293	-47.9562
6	0.183	0.3555	0.0341	0.7891	0.4926	5.7294	-0.0652	-0.0055	0.1077	-0.1834	-0.1578	0.3178	-0.2092	-0.963	0.1535	0.5839	0.0039	-0.0714	0.7111	-0.2111	0.2026	-9.375	-6.4859	-70.9978
7	3.7874	-0.4397	1.8688	1.6074	-1.8812	2.7016	-0.5433	-0.6237	0.8258	-1.3276	-0.2362	1.2522	-1.9698	-1.5346	0.8179	1.0949	0.4309	-0.4264	1.2968	-0.5278	0.8996	-19.1145	-0.21	-63.8641
8	1.8798	0.8588	-0.4832	2.144	-1.4818	2.7762	-0.0152	0.404	-0.1141	-0.6564	-0.0741	0.4921	-0.0217	-0.6528	0.1379	0.6983	0.4234	-0.2416	0.7354	-0.2528	0.3598	-17.7451	7.3312	-51.7952
9	6.9276	4.1415	4.6784	8.1096	5.1813	7.1434	-0.3284	0.1197	0.3336	-0.3393	-0.331	0.4904	-0.4787	-0.2455	0.5215	0.2679	0.1196	0.0526	0.2237	0.0603	0.118	-10.0836	17.082	-26.3932
10	1.2071	0.1933	0.9587	1.4313	0.9759	5.1788	-0.0979	-0.4407	0.2452	0.1942	-0.0945	0.0823	-0.1154	-0.1617	0.133	0.2262	-0.021	-0.0916	0.6165	-0.0619	0.1234	5.2369	21.7711	6.8028
11	1.8132	0.3444	-1.3124	1.3338	0.5551	4.1528	0.0311	-0.5359	0.8013	0.0379	0.0026	0.2374	-1.3996	-0.3375	-0.0133	0.5867	0.119	-0.0577	0.5735	-0.2181	0.267	-7.589	32.6514	5.3165
12	6.5651	-0.1532	-0.7225	3.9484	0.0498	4.2509	-0.1901	-0.1184	-0.1645	-0.1103	0.1097	0.5412	0.1276	-0.6322	0.048	0.1911	0.048	-0.0272	0.3444	0.0007	0.0782	-10.9519	19.3836	-3.025
13	3.703	-2.6382	-1.7272	5.2947	-0.9109	5.8635	-0.1939	0.104	-0.2373	0.6426	0.0737	0.4416	-0.0185	-0.1012	0.1606	0.3755	0.0111	0.1339	0.8607	-0.1577	0.2917	-15.6624	20.8728	11.1461
14	0.9094	-0.1546	0.1293	0.8153	-0.1146	1.3733	-0.0227	-0.1566	-0.1068	0.1551	-0.0378	-0.0146	0.1425	0.0242	0.0011	0.4294	-0.0061	-0.0616	0.3861	0.1417	0.0696	-4.1338	10.8185	-0.1207
15	3.9643	0.2927	-0.7162	2.6625	1.3281	5.3121	-0.0956	-0.263	0.0958	0.162	-0.0854	0.0405	-0.1923	0.0634	-0.0143	0.4302	0.0055	-0.0572	0.3118	-0.1016	0.0693	-2.5628	10.897	-22.3788
16	0.4224	-0.06	-0.0777	1.1763	0.471	0.9905	0.064	0.2299	0.0127	-0.7134	-0.265	0.3245	-0.3904	-0.3611	0.1843	0.8539	0.1182	-0.0044	0.2692	-0.1079	0.1556	-7.2892	10.0798	-49.786
17	2.959	-1.1959	-3.1253	3.968	2.3335	3.6299	0.1652	2.2759	-0.6953	-1.224	-0.0633	-0.3632	-0.5238	-0.316	-0.1146	1.9883	0.1395	0.0329	1.0823	-0.0672	1.0425	-4.6596	11.2277	-68.4733
18	9.0537	-3.7932	-6.0724	1.7576	3.1286	6.1013	0.0936	1.1393	-0.4249	-0.4378	-0.1543	0.1287	-0.3502	-0.2515	0.0416	1.4032	-0.0777	-0.0071	0.5313	-0.1082	0.3796	0.3393	7.8087	-60.7562
19	0.6609	-0.322	-0.6131	0.1892	0.0497	2.5908	0.0426	-0.1462	0.089	0.0053	0.0616	-0.1345	0.0083	0.2612	-0.0122	0.3417	0.0291	0.0432	0.3338	-0.1961	0.156	2.9182	3.6207	-40.4858
20	9.7389	-0.5239	1.3943	0.9304	-2.7853	8.3385	0.5301	-1.1424	-0.0593	0.6938	0.186	-0.7039	0.3804	1.7891	-0.6919	1.0134	0.115	-0.3143	0.8905	-0.2498	0.5316	8.3982	-3.5306	-25.6051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 26:39)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 40:48)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 49:153)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 154:169)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 170:179)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 180:203)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 204:208)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 209:228)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 229:246)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 1001:1029)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 1030:1122)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 1123:1162)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 1163:1180)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and (resid 1181:1196) or (resid 288:288))
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 289:301)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 302:325)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 326:334)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 335:341)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 342:363)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 364:373)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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