PDB-4ziq: Crystal structure of trypsin activated alpha-2-macroglobulin from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ziq

タイトル

Crystal structure of trypsin activated alpha-2-macroglobulin from Escherichia coli.

要素

Uncharacterized lipoprotein YfhM

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Bacterial pan-proteinase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase inhibitor activity / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Garcia-Ferrer, I. / Arede, P. / Gomez-Blanco, J. / Luque, D. / Duquerroy, S. / Caston, J.R. / Goulas, T. / Gomis-Ruth, X.F.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
European Community	FP7-PEOPLE-2011-ITN-290246	スペイン
European Community	FP7-HEALTH-2012-306029-2	スペイン
Spanish Ministry for Education, Culture and Sport	AP2010-3799	スペイン

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structural and functional insights into Escherichia coli α2-macroglobulin endopeptidase snap-trap inhibition.
著者: Irene Garcia-Ferrer / Pedro Arêde / Josué Gómez-Blanco / Daniel Luque / Stephane Duquerroy / José R Castón / Theodoros Goulas / F Xavier Gomis-Rüth /

要旨: The survival of commensal bacteria requires them to evade host peptidases. Gram-negative bacteria from the human gut microbiome encode a relative of the human endopeptidase inhibitor, α2- ...

履歴

登録	2015年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ziq.cif.gz	592.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ziq.ent.gz	486.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ziq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ziq_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ziq_full_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示
XML形式データ	4ziq_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	4ziq_validation.cif.gz	67.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/4ziq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3016C 3017C 3018C 4ziuC 4zjgC 4zjhC 5a42C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jxa-d 12563 6ro4-d 9951 2nyl-d 5v0t-d 6lu9-d 6ts8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (1)
#96 - 2007年12月
酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized lipoprotein YfhM

ヘテロ分子

178 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized lipoprotein YfhM

ヘテロ分子

A: Uncharacterized lipoprotein YfhM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
356 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	274.280, 95.360, 81.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Uncharacterized lipoprotein YfhM 分子量: 177975.672 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-1563 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: yfhM, b2520, JW2504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76578
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 12-16% [w/v] PEG8,000 100mM Tris-HCl

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALBA	XALOC	1	0.9724, 0.9768, 0.9788, 0.9793, 0.9791
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	2	0.9724, 0.9768, 0.9788, 0.9793, 0.9791
シンクロトロン	ESRF	ID29	3	0.9724, 0.9768, 0.9788, 0.9793, 0.9791

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2013年2月9日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2013年11月22日
DECTRIS PILATUS 6M	3	PIXEL	2012年11月3日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2
3	MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9724	1
2	0.9768	1
3	0.9788	1
4	0.9793	1
5	0.9791	1

反射

解像度: 2.55→47.7 Å / Num. all: 65409 / Num. obs: 65409 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.9 % / B_iso Wilson estimate: 85.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.3

反射シェル

解像度: 2.55→2.7 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 1.163 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
Coot		モデル構築
BUSTER	2.10.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.55→47.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9501 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9346 / SU R Cruickshank DPI: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.336 / SU R_free Blow DPI: 0.226 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.236

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2213	1083	1.66 %	RANDOM
R_work	0.1898	-	-	-
obs	0.1903	65374	98.97 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.477 Å²	0 Å²	10.7971 Å²
2-	-	-7.0753 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.5982 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.341 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.55→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11224	0	9	105	11338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	11461	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	15589	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5279	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		328	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1644	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11461	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.14
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1462	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12191	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3129	76	1.7 %
R_work	0.3133	4383	-
all	0.3133	4459	-
obs	-	-	91.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.2886	-3.7784	-1.7813	4.258	-0.3961	0.592	-0.0416	0.0884	-0.2282	-0.0708	0.1482	0.0131	0.4732	0.271	-0.1067	0.3988	-0.2238	-0.4242	0.1453	0.3179	0.681	104.5504	-12.9248	74.8188
2	6.824	2.2735	-1.9011	4.8758	-2.7188	2.4601	-0.0326	-0.1497	-0.1729	0.1197	0.0561	0.0224	0.2842	0.0009	-0.0235	0.4697	-0.3678	-0.2551	0.153	0.3668	0.6985	79.6349	-12.8273	82.5973
3	4.8884	2.868	2.2537	4.7296	-5.3828	2.5392	-0.0071	-0.0808	0.0303	0.0639	0.0507	0.0509	-0.0418	-0.0323	-0.0437	0.0571	-0.2827	-0.2764	0.0674	0.3017	0.4294	72.4176	2.9133	71.0874
4	4.0415	2.3881	-0.8976	4.3949	-1.1409	3.5641	0.1662	-1.1017	-0.5794	0.2606	0.0112	0.59	0.4058	-1.1672	-0.1775	-0.2451	-0.206	0.1124	0.6751	0.3175	0.0447	61.223	25.4436	81.0575
5	3.2448	-1.0651	0.3934	2.8189	0.1338	1.8553	0.3043	0.416	-0.5456	-0.6812	-0.0854	0.3977	0.1356	-0.1758	-0.219	0.1202	-0.0149	-0.1824	0.0081	-0.0495	-0.0649	74.623	25.9635	46.3006
6	6.365	-0.0244	-1.2617	4.5122	-1.7766	6.588	0.1371	-0.4223	-0.7672	-0.253	-0.3839	-0.2302	0.3781	0.8611	0.2468	0.2724	0.0427	-0.2548	-0.2307	0.0228	0.6047	93.6876	4.0712	56.1666
7	4.7304	2.7601	-0.1127	9.1604	1.2532	2.6371	0.011	0.3286	-0.2448	-0.148	0.0332	0.2009	0.3943	0.0469	-0.0442	0.2396	-0.526	-0.2533	0.1998	0.2393	0.8238	64.5682	-9.9394	67.2529
8	0.1617	-0.8316	0.6262	3.2046	0.0316	1.4071	0.1359	-0.1452	-0.5465	0.1973	-0.0658	0.0594	0.5012	-0.5817	-0.0701	-0.0822	-0.3995	-0.1247	0.1093	0.3422	0.4556	67.6077	8.2649	69.1544
9	0.7852	0.6042	-1.1478	1.9353	1.329	1.8807	0.0441	0.0547	0.092	0.1284	0.0289	0.1999	-0.2192	-0.1265	-0.073	0.0335	0.0927	0.0437	0.1469	-0.0251	-0.1168	72.6266	46.9685	77.0376
10	4.6044	2.4908	-0.8981	3.2387	-2.0266	3.4773	0.224	-0.3413	-0.5132	-0.076	-0.1425	0.5375	0.2058	-1.0255	-0.0815	-0.3572	-0.1953	-0.1123	0.6909	0.253	0.5046	43.9025	25.6978	66.9735
11	4.4132	-0.9519	2.0594	2.6092	-1.4598	3.0722	-0.0743	0.0352	0.6033	-0.1212	0.0938	0.6267	-0.7269	-0.8848	-0.0195	0.1968	0.3526	-0.1484	0.2293	0.081	0.1433	58.4002	55.8031	55.9399
12	2.2095	-0.7521	0.3804	3.7865	-1.0712	10.0575	-0.3505	-1.1013	0.3617	0.6244	0.4387	0.2837	-0.4473	-0.2128	-0.0882	0.3905	0.2917	-0.0302	0.3226	-0.1068	-0.15	80.6189	53.3809	95.7483
13	3.2498	0.847	-0.8001	1.4729	-0.1252	2.5989	-0.0345	0.1299	0.0288	-0.1222	0.001	0.0091	0.0447	-0.0216	0.0335	-0.0134	0.0743	0.0523	-0.0202	-0.0278	-0.275	113.7555	37.8356	104.2494
14	2.4466	-0.0569	0.6912	1.4927	0.1091	4.6866	-0.0799	0.0093	0.1552	-0.0477	0.0287	0.0942	-0.4111	0.2217	0.0512	-0.1156	-0.0208	0.012	-0.0722	0.04	-0.2564	86.8427	42.5538	66.3523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|166 - 289}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|290 - 367}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|368 - 385}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|386 - 483}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|484 - 611}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|612 - 754}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|755 - 853}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|901 - 938}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|949 - 966}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|854 - 900 A\|967 - 1019}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|1020 - 1126}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|1127 - 1170 A\|1442 - 1498}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|1171 - 1441}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|1499 - 1653}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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