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Yorodumi- PDB-5v0t: Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v0t | ||||||
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Title | Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) from Burkholderia xenovorans in complex with glucose-6-phosphate | ||||||
Components | Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia xenovorans / alpha / alpha-trehalose-phosphate synthase / UDP / glucose-6-phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia xenovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of an alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) from Burkholderia xenovorans in complex with glucose-6-phosphate Authors: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v0t.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v0t.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v0t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4b14S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 16 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 55180.852 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (bacteria) Strain: LB400 / Gene: Bxe_A1242 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q13W28, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) #3: Sugar | ChemComp-G6P / |
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-Non-polymers , 7 types, 2921 molecules
#2: Chemical | ChemComp-UDP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-OXD / #7: Chemical | ChemComp-FMT / #8: Chemical | ChemComp-TAR / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 56 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: MORPHEUS G2 (269140g2): 10% w/v PEG8000, 20% v/v EG, 20mM tartarate, citrate, oxamate, acetate, formate, 100mM MES/imidazole pH 6.5: 2mM UDP, 2mM glucose-6-phosphate, 2mM MgCl2: protein conc ...Details: MORPHEUS G2 (269140g2): 10% w/v PEG8000, 20% v/v EG, 20mM tartarate, citrate, oxamate, acetate, formate, 100mM MES/imidazole pH 6.5: 2mM UDP, 2mM glucose-6-phosphate, 2mM MgCl2: protein conc 22.24mg/mL: dc: wpj5-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 329972 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.994 % / Biso Wilson estimate: 24.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 11.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4b14 Resolution: 1.95→50 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 18.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.22 Å2 / Biso mean: 32.7772 Å2 / Biso min: 11.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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