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万見
- PDB-4zfi: Structure of Mdm2 with low molecular weight inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zfi
タイトルStructure of Mdm2 with low molecular weight inhibitor
要素E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードLIGASE / p53-binding protein Mdm2 / Oncoprotein Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / small molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / response to ether / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / response to ether / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / peroxisome proliferator activated receptor binding / SUMO transferase activity / negative regulation of protein processing / response to iron ion / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / cellular response to peptide hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the cytosol / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to alkaloid / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / regulation of protein catabolic process / blood vessel development / cardiac septum morphogenesis / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / response to magnesium ion / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / protein localization to nucleus / cellular response to UV-C / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein autoubiquitination / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / transcription repressor complex / NPAS4 regulates expression of target genes / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of protein export from nucleus / ubiquitin binding / proteolysis involved in protein catabolic process / response to cocaine / Stabilization of p53 / protein destabilization / Regulation of RUNX3 expression and activity / establishment of protein localization / RING-type E3 ubiquitin transferase / cellular response to growth factor stimulus / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 5S rRNA binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4NJ / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zak, K.M. / Twarda-Clapa, A. / Wrona, E.M. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
the Foundation for Polish ScienceTEAM Programme ポーランド
the polish National Centre of ScienceUMO-2011/01/D/NZ1/01169 ポーランド
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: A Unique Mdm2-Binding Mode of the 3-Pyrrolin-2-one- and 2-Furanone-Based Antagonists of the p53-Mdm2 Interaction.
著者: Surmiak, E. / Twarda-Clapa, A. / Zak, K.M. / Musielak, B. / Tomala, M.D. / Kubica, K. / Grudnik, P. / Madej, M. / Jablonski, M. / Potempa, J. / Kalinowska-Tluscik, J. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.
履歴
登録2015年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6458
ポリマ－45,5984
非ポリマー2,0474
水5,639313
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9112
ポリマ－11,3991
非ポリマー5121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9112
ポリマ－11,3991
非ポリマー5121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9112
ポリマ－11,3991
非ポリマー5121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9112
ポリマ－11,3991
非ポリマー5121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.360, 70.250, 96.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNASNASNAA18 - 1112 - 95
21GLNGLNASNASNBB18 - 1112 - 95
12GLNGLNVALVALAA18 - 1092 - 93
22GLNGLNVALVALCC18 - 1092 - 93
13ILEILEVALVALAA19 - 1103 - 94
23ILEILEVALVALDD19 - 1103 - 94
14GLNGLNVALVALBB18 - 1092 - 93
24GLNGLNVALVALCC18 - 1092 - 93
15ILEILEVALVALBB19 - 1103 - 94
25ILEILEVALVALDD19 - 1103 - 94
16ILEILEVALVALCC19 - 1093 - 93
26ILEILEVALVALDD19 - 1093 - 93

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 11399.375 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 18-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: p53 binding domain of Mdm2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / プラスミド: pET-20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-4NJ / (5S)-3,5-bis(4-chlorobenzyl)-4-(6-chloro-1H-indol-3-yl)-5-hydroxy-1-methyl-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-one


分子量: 511.827 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H21Cl3N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium chloride, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→56.78 Å / Num. all: 180767 / Num. obs: 31037 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 99.54

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.24 Å24.12 Å
Translation3.24 Å24.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LBL

3lbl


解像度: 2→56.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2377 / WRfactor Rwork: 0.1963 / FOM work R set: 0.7897 / SU B: 8.235 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.1874 / SU Rfree: 0.1688 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 1564 5 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1999 29436 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.78 Å2 / Biso mean: 30.395 Å2 / Biso min: 15.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å2-0 Å2
2--3.58 Å2-0 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→56.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2961 0 136 313 3410
Biso mean--24.67 38.37 -
残基数----378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.023012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1592.044332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.53536883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.32523.739115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21715530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7751512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.252.4961506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2292.4941505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1083.7211875
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A55910.06
12B55910.06
21A51720.14
22C51720.14
31A49340.13
32D49340.13
41B50410.14
42C50410.14
51B49040.13
52D49040.13
61C50040.11
62D50040.11
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 103 -
Rwork0.255 2152 -
all-2255 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3917-0.0958-0.20270.40280.0910.72840.0430.0070.0244-0.02-0.0247-0.0392-0.0114-0.0674-0.01830.02080.01360.00560.02160.00780.00899.76320.471121.8971
20.530.072-0.39010.40810.02581.29820.0404-0.00690.0350.02510.0090.0430.01650.063-0.04940.0126-0.00260.00550.0176-0.0120.0154-9.34940.20625.2326
30.37560.0809-0.04610.35030.24440.96850.01840.0291-0.02010.00430.0074-0.0115-0.0352-0.0323-0.02580.01870.00480.01250.0080.00860.0251-17.49034.44230.8574
40.473-0.0030.1830.591-0.18251.1753-0.0089-0.0077-0.02060.01730.02010.0186-0.02740.0464-0.01130.0099-0.00320.01240.0047-0.00270.016217.47774.5399-3.9116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4D19 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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