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- PDB-4zcf: Structural basis of asymmetric DNA methylation and ATP-triggered ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zcf
タイトルStructural basis of asymmetric DNA methylation and ATP-triggered long-range diffusion by EcoP15I
要素
  • (Restriction endonuclease EcoP15I, ...) x 2
  • DNA 20-mer AATCATAGTCTACTGCTGTA
  • DNA 20-mer ATACAGCAGTAGACTATGAT
キーワードHydrolase-DNA complex / Hydrolase/DNA / ATP motor / DNA methyltransferase / Asymmetric DNA methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


type III site-specific deoxyribonuclease / type III site-specific deoxyribonuclease activity / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / helicase activity / methylation / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type III R-M EcoP15I, C-terminal / Type III restriction enzyme, C-terminal endonuclease domain / Type III R-M EcoP15I C-terminal domain / Endonuclease domain / N4/N6-methyltransferase, Type III restriction-modification enzyme EcoPI Mod subunit-like / : / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site ...Type III R-M EcoP15I, C-terminal / Type III restriction enzyme, C-terminal endonuclease domain / Type III R-M EcoP15I C-terminal domain / Endonuclease domain / N4/N6-methyltransferase, Type III restriction-modification enzyme EcoPI Mod subunit-like / : / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / Type III restriction-modification enzyme EcoP15I Mod subunit / Type III restriction-modification enzyme EcoP15I Res subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gupta, Y.K. / Chan, S.H. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111507 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis of asymmetric DNA methylation and ATP-triggered long-range diffusion by EcoP15I.
著者: Gupta, Y.K. / Chan, S.H. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02021年1月20日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _entity_poly.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._entity_poly.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease EcoP15I, modification subunit
B: Restriction endonuclease EcoP15I, modification subunit
C: Restriction endonuclease EcoP15I, restriction subunit
D: DNA 20-mer ATACAGCAGTAGACTATGAT
E: DNA 20-mer AATCATAGTCTACTGCTGTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,2629
ポリマ－271,7655
非ポリマー4974
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22000 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area83990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.838, 101.838, 533.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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Restriction endonuclease EcoP15I, ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Restriction endonuclease EcoP15I, modification subunit


分子量: 74190.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoP15Imod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: Q5ZND1
#2: タンパク質 Restriction endonuclease EcoP15I, restriction subunit


分子量: 111109.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoP15Ires / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB Express / 参照: UniProt: Q5ZND2

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#3: DNA鎖 DNA 20-mer ATACAGCAGTAGACTATGAT


分子量: 6166.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA 20-mer AATCATAGTCTACTGCTGTA


分子量: 6107.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 99分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 5000 monomethylether, potassium acetate, HEPES / PH範囲: 7.2-7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 85834 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 73.1 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9142 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8813 / SU R Cruickshank DPI: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.43 / SU Rfree Blow DPI: 0.282 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.287
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 4321 5.04 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2206 85658 97.45 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4567 Å20 Å20 Å2
2---4.4567 Å20 Å2
3---8.9133 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.389 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13995 818 26 95 14934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2520776HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5162SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes348HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2128HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15193HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2090SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16288SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3468 295 4.81 %
Rwork0.2712 5835 -
all0.2748 6130 -
obs--97.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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