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万見
- PDB-4zc7: Paromomycin bound to a leishmanial ribosomal A-site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zc7
タイトルParomomycin bound to a leishmanial ribosomal A-site
要素RNA duplex
キーワードRNA / A-site / ribosome / paromomycin / Leishmania
機能・相同性PAROMOMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.041 Å
データ登録者Shalev, M. / Rozenberg, H. / Jaffe, C.L. / Adir, N. / Baasov, T.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health1 R01 GM094792-01 A1 米国
GIFG-1048-95.5/2009 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for selective targeting of leishmanial ribosomes: aminoglycoside derivatives as promising therapeutics.
著者: Shalev, M. / Rozenberg, H. / Smolkin, B. / Nasereddin, A. / Kopelyanskiy, D. / Belakhov, V. / Schrepfer, T. / Schacht, J. / Jaffe, C.L. / Adir, N. / Baasov, T.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA duplex
B: RNA duplex
C: RNA duplex
D: RNA duplex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4736
ポリマ－118,2424
非ポリマー1,2312
水724
1
A: RNA duplex
B: RNA duplex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7373
ポリマ－59,1212
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法PISA
2
C: RNA duplex
D: RNA duplex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7373
ポリマ－59,1212
非ポリマー6161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.690, 57.180, 47.700
Angle α, β, γ (deg.)78.920, 109.440, 123.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖
RNA duplex


分子量: 29560.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium cacodylate pH 7.0, spermine tetrahydrochloride, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), MgSO4, KCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9394 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→45 Å / Num. all: 5004 / Num. obs: 5004 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 68.87 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 7.05 / Num. measured all: 15718
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.04-3.123.10.9590.2832.1312123813820.339100
3.12-3.210.9950.1372.9912143913800.16397.2
3.21-3.30.9710.1983.4510003083110.235100
3.3-3.40.980.1793.6511823773730.21398.9
3.4-3.510.9860.1623.910293233190.19198.8
3.51-3.630.9820.1434.5910583353290.16998.2
3.63-3.770.9940.1185.229162902920.139100
3.77-3.930.9890.1296.069613163080.15297.5
3.93-4.10.9870.1177.259192922850.13897.6
4.1-4.30.9890.1187.168382622690.141100
4.3-4.530.990.1058.677982672570.12496.3
4.53-4.810.9860.09910.728582672640.11698.9
4.81-5.140.9860.09911.286832142170.117100
5.14-5.550.9950.08511.486162112030.10196.2
5.55-6.080.9880.08412.416312112100.09899.5
6.08-6.80.9910.08312.65431891790.09894.7
6.8-7.850.9960.06114.134591511500.07299.3
7.85-9.620.9940.07713.874231401370.0997.9
9.62-13.60.9980.04914.8126196930.05996.9
13.6-450.9980.03314.4611757460.0480.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J7T

1j7t


解像度: 3.041→44.979 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 991 10 %Random selection
Rwork0.1828 8818 --
obs0.1912 5004 96.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.91 Å2 / Biso mean: 97.5302 Å2 / Biso min: 50.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.041→44.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1749 73 4 1826
Biso mean--109.45 60.38 -
残基数----82
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.233142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.618965
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0406-3.20090.25731440.22931281X-RAY DIFFRACTION96
3.2009-3.40140.24651430.19721255X-RAY DIFFRACTION97
3.4014-3.66390.32981400.20821286X-RAY DIFFRACTION98
3.6639-4.03240.29971410.18441228X-RAY DIFFRACTION97
4.0324-4.61540.29431470.1921267X-RAY DIFFRACTION98
4.6154-5.81290.3251350.1821266X-RAY DIFFRACTION97
5.8129-450.20651410.15911235X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61822.2596-1.68395.52682.52993.87510.5333-2.05991.73070.0095-0.3799-0.0451-0.6819-1.129-0.35611.16140.1224-0.34090.94760.05321.065816.7124-34.260214.6121
20.77471.53112.32635.61735.25567.1089-0.72220.01740.477-0.2282-1.00551.2566-1.6817-1.1074-2.99660.70890.0810.16980.47340.62570.9622-7.8452-3.82498.6166
33.3213-2.9588-1.04433.89653.5875.9009-0.5818-0.1227-0.78910.16520.58550.20940.57260.65490.07240.64490.12980.22651.06760.21310.6331-6.3336-4.289616.0553
44.4303-1.74132.93874.4696-3.02917.98060.2517-0.4171-0.8902-0.13040.2142-0.36920.90490.6105-0.65770.88780.25640.06150.6993-0.05680.79136.7594-21.972116.3369
51.99410.33514.7112.00413.45715.9678-0.01471.3057-0.1501-0.05220.86942.91831.59731.1677-0.26451.14030.24730.15650.65880.2150.935211.6515-39.721611.0806
64.28314.11772.45633.7622.09321.77150.9385-1.21670.03460.2015-0.99720.207-0.53330.43060.00731.609-0.5240.09371.0448-0.06921.04539.0613-9.047136.5781
74.4848-0.1567-2.74415.571-0.92345.5987-0.40390.4871-0.7641-0.42590.0050.64270.3663-0.2530.24120.6833-0.0149-0.07180.4709-0.070.7398-2.7729-32.574740.5514
81.71830.6509-1.13663.0097-0.61912.4628-0.17870.82580.09680.66970.60381.7481.0522-0.1122-0.23830.6693-0.1236-0.03450.79570.23830.7993-2.0529-29.550238.5118
94.52231.71461.96885.24392.41145.8455-0.3277-0.189-0.2626-0.77210.38190.509-0.0584-0.08440.04360.9571-0.2710.10120.64330.05980.8379.8824-6.141735.6091
104.78052.9912-1.47714.75732.32418.39371.17231.0005-1.25111.9955-0.49930.43561.34972.0344-0.26790.86920.2299-0.11360.91210.07661.13063.5223-18.392416.2553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 7 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 23 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 26 through 31 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 32 through 40 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 42 through 46 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 3 through 12 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 13 through 23 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 26 through 35 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 36 through 46 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 8 through 16 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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