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- PDB-4zbn: Non-helical DNA Triplex Forms a Unique Aptamer Scaffold for High ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbn
タイトルNon-helical DNA Triplex Forms a Unique Aptamer Scaffold for High Affinity Recognition of Nerve Growth Factor
要素
  • Beta-nerve growth factor
  • DNA (28-MER)
キーワードImmune system/DNA / Complex / Aptamer / Immune system-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway ...NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / Retrograde neurotrophin signalling / Axonal growth stimulation / NADE modulates death signalling / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of Ras protein signal transduction / PI3K/AKT activation / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of DNA binding / Frs2-mediated activation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Signalling to RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / neuron projection morphogenesis / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / Golgi lumen / synaptic vesicle / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / axon / lipid binding / dendrite / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.447 Å
データ登録者Davies, D.R. / Edwards, T.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Non-helical DNA Triplex Forms a Unique Aptamer Scaffold for High Affinity Recognition of Nerve Growth Factor.
著者: Jarvis, T.C. / Davies, D.R. / Hisaminato, A. / Resnicow, D.I. / Gupta, S. / Waugh, S.M. / Nagabukuro, A. / Wadatsu, T. / Hishigaki, H. / Gawande, B. / Zhang, C. / Wolk, S.K. / Mayfield, W.S. ...著者: Jarvis, T.C. / Davies, D.R. / Hisaminato, A. / Resnicow, D.I. / Gupta, S. / Waugh, S.M. / Nagabukuro, A. / Wadatsu, T. / Hishigaki, H. / Gawande, B. / Zhang, C. / Wolk, S.K. / Mayfield, W.S. / Nakaishi, Y. / Burgin, A.B. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Gelinas, A.D. / Schneider, D.J. / Janjic, N.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (28-MER)
E: DNA (28-MER)
A: Beta-nerve growth factor
B: Beta-nerve growth factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8605
ポリマ－46,6224
非ポリマー2381
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)109.201, 60.708, 68.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 9795.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 13515.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGF, NGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01138
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16 % PEG 8000, 100 mM HEPES pH 6.0, 100 mM Magnesium Acetate and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.447→68.2 Å / Num. obs: 15532 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.447→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.447→68.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 20.699 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25697 824 5 %RANDOM
Rwork0.20174 ---
obs0.20447 15532 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.608 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å21.15 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.447→68.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 1320 15 21 2862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0173055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1121.8574274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2195194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.22522.42466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.09715243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.219159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1680.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5583.26783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9714.855967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1253.212272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.42729.4024972
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.447→2.511 Å /
反射数%反射
Rfree55 -
Rwork970 -
obs-84.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93131.22310.2152.9978-0.03543.22030.1380.04310.364-0.024-0.19190.3247-0.3619-0.28080.05390.13670.03340.02830.09170.00020.068113.8233-0.540912.3699
210.93513.5472-3.85253.1946-1.12956.42750.06710.46550.0593-0.29780.2450.38270.2517-0.7259-0.31220.1261-0.0411-0.0530.14110.01220.12774.693-12.25273.7944
36.14932.52592.43592.38221.8361.9704-0.39840.29350.8608-0.23090.16850.3637-0.44340.43160.22980.2203-0.10830.05680.23250.00920.209722.08047.991618.706
43.71993.22891.73085.3973.0553.7735-0.01130.34010.0146-0.155-0.06420.0532-0.03860.08420.07550.08120.028400.179-0.0110.027820.9039-2.3789.1516
56.08572.04727.48125.42725.723611.437-0.08460.5423-0.0497-0.4446-0.15630.3562-0.27350.37320.24090.30140.04420.0360.3217-0.07120.127513.4178-13.4620.4902
64.0973.16071.77198.76844.43652.4479-0.13720.14090.36880.0720.08210.1441-0.0250.16150.05510.224-0.0133-0.03220.27110.07910.132126.11034.026815.4967
712.3439-1.5108-3.74669.05140.55241.14140.59080.43260.6331-0.8723-0.37640.1695-0.1829-0.1266-0.21430.25670.0013-0.0460.2899-0.00140.230234.33863.50798.6129
86.72153.9769-0.45776.12931.07132.28610.2727-0.1199-0.68520.4768-0.1595-0.79110.27260.379-0.11320.15510.1022-0.05950.16350.01890.109728.3939-8.386316.4666
95.5628-1.9481-3.48236.2909-0.41947.35780.3317-0.2423-0.6999-0.3612-0.0904-0.18111.0667-0.2519-0.24130.3553-0.1199-0.21920.08360.10760.274111.5889-21.617616.4329
104.81085.44082.16448.5952.9643.34880.6338-0.6638-0.04511.2879-0.5558-0.25280.4870.2938-0.0780.233-0.0408-0.04540.268-0.02530.022428.6577-0.149525.5396
1110.35596.53634.12786.73873.15323.83970.4460.0526-0.45670.6109-0.17050.07430.43940.0046-0.27560.1827-0.00510.0210.1203-0.00510.091913.2156-12.660619.6878
126.98075.7583.686910.02164.56692.53740.4841-0.6782-0.2730.7227-0.3765-0.080.1975-0.1986-0.10760.3154-0.08910.0310.21280.04520.025717.616-5.895222.9973
135.64586.5121-0.328712.4488-0.26241.73140.0619-0.32550.9499-0.7248-0.01011.0043-0.3735-0.6475-0.05190.23440.08620.10280.3154-0.040.3479-3.42374.167126.7682
146.90594.65983.75815.43683.12032.9897-0.4136-0.35191.089-0.23930.03311.0739-0.575-0.53830.38050.45020.06060.16840.4003-0.00410.55497.473612.740523.0958
152.7124-1.2237-0.99332.7432-0.95315.3487-0.11180.05560.1640.0938-0.10120.27430.16670.05060.2130.1416-0.09390.04630.2271-0.0290.1312-0.6488-8.625424.2833
160.3391.19320.43728.211-0.24272.76990.1993-0.1650.11550.4493-0.13910.03430.0551-0.12-0.06020.2532-0.10390.16840.2716-0.16870.186911.47897.575427.1038
170.74762.43361.56219.18837.343110.84880.05750.1399-0.41050.33780.9831-1.12131.00621.1078-1.04050.37490.1698-0.07640.6143-0.15130.459435.6224-19.2776-1.2879
183.53290.2941-0.759211.669411.383411.43390.0336-0.2792-0.19240.91660.7289-0.90650.94750.8733-0.76250.36310.1894-0.14040.79420.16560.675147.6228-9.445615.5038
197.52684.14713.37514.25351.80442.05930.2590.1907-0.53620.15410.1072-0.10370.330.2065-0.36620.31010.11110.00130.2437-0.13240.163629.9599-17.10413.9401
202.32610.88483.04071.33520.87995.0482-0.31870.2868-0.0882-0.30720.1877-0.5073-0.07330.60.1310.25670.07280.06330.4286-0.0550.295135.7473-5.240710.5422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3A53 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4A76 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5A94 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6A104 - 114
7X-RAY DIFFRACTION7B4 - 9
8X-RAY DIFFRACTION8B10 - 25
9X-RAY DIFFRACTION9B26 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10B53 - 78
11X-RAY DIFFRACTION11B79 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12B100 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 8
14X-RAY DIFFRACTION14D9 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15D15 - 21
16X-RAY DIFFRACTION16D22 - 28
17X-RAY DIFFRACTION17E1 - 5
18X-RAY DIFFRACTION18E6 - 9
19X-RAY DIFFRACTION19E12 - 19
20X-RAY DIFFRACTION20E20 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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