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- PDB-4z8l: Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8l
タイトルCrystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex
要素
  • Protein VPRBP
  • SAM domain and HD domain-containing protein
  • Vpx protein
キーワードViral Protein/VPX-BINDING PROTEIN / HIV / antiviral defense / Viral Protein-VPX-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / catalytic activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / virion component ...histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / catalytic activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / virion component / fibrillar center / viral penetration into host nucleus / positive regulation of protein catabolic process / host cell / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / defense response to virus / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / protein serine kinase activity / DNA repair / host cell nucleus / GTP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4730 / Retroviral VpR/VpX protein / VPR/VPX protein / VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / : / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / HD domain profile. ...: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4730 / Retroviral VpR/VpX protein / VPR/VPX protein / VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / : / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Sterile alpha motif domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / Protein Vpr / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
Mandrillus sphinx (マンドリル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Koharudin, L.M. / Wu, Y. / Calero, G. / Ahn, J. / Gronenborn, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50GM82251 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Clade-specific Engagement of SAMHD1 (Sterile alpha Motif and Histidine/Aspartate-containing Protein 1) Restriction Factors by Lentiviral Viral Protein X (Vpx) Virulence Factors.
著者: Wu, Y. / Koharudin, L.M. / Mehrens, J. / DeLucia, M. / Byeon, C.H. / Byeon, I.J. / Calero, G. / Ahn, J. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein VPRBP
B: Vpx protein
C: SAM domain and HD domain-containing protein
D: Protein VPRBP
E: Vpx protein
F: SAM domain and HD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,4918
ポリマ－130,3606
非ポリマー1312
水2,054114
1
A: Protein VPRBP
B: Vpx protein
C: SAM domain and HD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2464
ポリマ－65,1803
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
2
D: Protein VPRBP
E: Vpx protein
F: SAM domain and HD domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2464
ポリマ－65,1803
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.490, 74.490, 178.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Protein VPRBP / DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein ...DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein


分子量: 39777.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1057-1396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPRBP, DCAF1, KIAA0800, RIP / 発現宿主: Baculoviridae (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF21
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Vpx protein


分子量: 12204.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
遺伝子: vpx / プラスミド: pET43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: Q7ZB17
#3: タンパク質 SAM domain and HD domain-containing protein / SAM domain and HD domain-containing protein 1


分子量: 13197.734 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mandrillus sphinx (マンドリル) / 遺伝子: SAMHD1 / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: H6WEA4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月25日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.7 Å / Num. obs: 33447 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.383 / Rpim(I) all: 0.782

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CC9, 2E8O

4cc9

2e8o


解像度: 2.6→43.695 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 1005 3 %Random selection
Rwork0.1992 ---
obs0.2015 33447 98.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7712 0 2 114 7828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42810685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8552883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6005-2.73760.39541320.31644249X-RAY DIFFRACTION87
2.7376-2.90910.3211430.23824628X-RAY DIFFRACTION97
2.9091-3.13370.27661480.21514773X-RAY DIFFRACTION97
3.1337-3.44890.24661440.20564680X-RAY DIFFRACTION97
3.4489-3.94770.26121450.20854687X-RAY DIFFRACTION96
3.9477-4.97250.1691470.15634727X-RAY DIFFRACTION97
4.9725-43.70070.17111450.19254687X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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