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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z8l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Viral Protein/VPX-BINDING PROTEIN / HIV / antiviral defense / Viral Protein-VPX-BINDING PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / catalytic activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / virion component ...histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / catalytic activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / virion component / fibrillar center / viral penetration into host nucleus / positive regulation of protein catabolic process / host cell / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chromosome / defense response to virus / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / protein serine kinase activity / DNA repair / host cell nucleus / GTP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) Mandrillus sphinx (マンドリル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Koharudin, L.M. / Wu, Y. / Calero, G. / Ahn, J. / Gronenborn, A.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Structural Basis of Clade-specific Engagement of SAMHD1 (Sterile alpha Motif and Histidine/Aspartate-containing Protein 1) Restriction Factors by Lentiviral Viral Protein X (Vpx) Virulence Factors. 著者: Wu, Y. / Koharudin, L.M. / Mehrens, J. / DeLucia, M. / Byeon, C.H. / Byeon, I.J. / Calero, G. / Ahn, J. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z8l.cif.gz | 208.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z8l.ent.gz | 164.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z8l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4z8l_validation.pdf.gz | 482.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4z8l_full_validation.pdf.gz | 516.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4z8l_validation.xml.gz | 39.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4z8l_validation.cif.gz | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39777.664 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1057-1396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPRBP, DCAF1, KIAA0800, RIP / 発現宿主: Baculoviridae (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF21 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase #2: タンパク質 | 分子量: 12204.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 遺伝子: vpx / プラスミド: pET43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: Q7ZB17 #3: タンパク質 | 分子量: 13197.734 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mandrillus sphinx (マンドリル) / 遺伝子: SAMHD1 / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: H6WEA4 #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→43.7 Å / Num. obs: 33447 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.383 / Rpim(I) all: 0.782 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4CC9, 2E8O 解像度: 2.6→43.695 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.695 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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