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- PDB-4z8k: Phycocyanin structure from T. elongatus at 2.5-A from XFEL using ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z8k
タイトルPhycocyanin structure from T. elongatus at 2.5-A from XFEL using a viscous delivery medium for serial femtosecond crystallography
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / T.elongatus / Phycobiliprotein / SFX / XFEL / Agarose / Viscous delivery medium.
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fromme, R. / Basu, S. / Fromme, P.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM095583 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54GM094599 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM108635 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC001057 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097463 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2015
タイトル: A novel inert crystal delivery medium for serial femtosecond crystallography.
著者: Conrad, C.E. / Basu, S. / James, D. / Wang, D. / Schaffer, A. / Roy-Chowdhury, S. / Zatsepin, N.A. / Aquila, A. / Coe, J. / Gati, C. / Hunter, M.S. / Koglin, J.E. / Kupitz, C. / Nelson, G. / ...著者: Conrad, C.E. / Basu, S. / James, D. / Wang, D. / Schaffer, A. / Roy-Chowdhury, S. / Zatsepin, N.A. / Aquila, A. / Coe, J. / Gati, C. / Hunter, M.S. / Koglin, J.E. / Kupitz, C. / Nelson, G. / Subramanian, G. / White, T.A. / Zhao, Y. / Zook, J. / Boutet, S. / Cherezov, V. / Spence, J.C. / Fromme, R. / Weierstall, U. / Fromme, P.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4535
ポリマ－35,6872
非ポリマー1,7663
水1,76598
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,36015
ポリマ－107,0626
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area24440 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area38690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.400, 153.400, 39.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17470.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.4
詳細: 1.0 M ammonium sulfate, 40 mM 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid (MES) pH= 6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月2日
放射モノクロメーター: KB mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.5 Å / Num. obs: 18908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 250.67 % / Net I/σ(I): 3.19
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1894精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GY3

4gy3


解像度: 2.5→29.5 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 945 5.01 %Random selection
Rwork0.1871 ---
obs0.1905 18871 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 129 98 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7863637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.335955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63180.35531390.32772528X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.79650.35741390.27992522X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-3.01230.33681160.24062542X-RAY DIFFRACTION100
3.0123-3.3150.29051510.20822537X-RAY DIFFRACTION100
3.315-3.79390.23571300.15862553X-RAY DIFFRACTION100
3.7939-4.77660.18741270.13022580X-RAY DIFFRACTION100
4.7766-29.53730.19761430.14262664X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06960.0594-0.07010.0747-0.02370.10030.0536-0.07490.05520.0943-0.10620.1128-0.0051-0.06050.00010.2819-0.06830.0140.369-0.00780.277943.5658-50.12167.8981
20.07740.08090.10110.25310.10110.13620.1114-0.25380.33160.1564-0.05370.2872-0.1456-0.13480.01260.39150.07530.05180.35-0.08370.500639.8565-24.21475.83
30.0193-0.0139-0.00490.02470.00410.00380.0397-0.048-0.0091-0.08870.0178-0.0370.03060.03230.00070.2895-0.0167-0.01470.35770.03970.383345.4441-42.4107-3.7578
40.0259-0.0536-0.06380.43380.01670.23310.0055-0.10590.19170.0737-0.12250.12540.07370.0162-0.29240.1657-0.1226-0.04040.28330.00410.257638.7619-53.8615-0.4404
50.32610.01080.05590.1322-0.04580.01770.03510.1486-0.0980.0593-0.0476-0.0786-0.01240.00570.10360.1761-0.06830.00450.30690.00660.184458.2067-65.8009-5.0135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 15 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 16 through 47 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 48 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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