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- PDB-4z7f: Crystal structure of FolT bound with folic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z7f
タイトルCrystal structure of FolT bound with folic acid
要素Folate ECF transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / folate transporter / gating mechanism / folate binding and release / group II ECF transporters / ATP-binding cassette transporters
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / Folate family ECF transporter S component
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.194 Å
データ登録者Zhao, Q. / Wang, C.C. / Wang, C.Y. / Zhang, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of FolT in substrate-bound and substrate-released conformations reveal a gating mechanism for ECF transporters
著者: Zhao, Q. / Wang, C.C. / Wang, C.Y. / Guo, H. / Bao, Z.H. / Zhang, M.H. / Zhang, P.
履歴
登録2015年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folate ECF transporter
B: Folate ECF transporter
C: Folate ECF transporter
D: Folate ECF transporter
E: Folate ECF transporter
F: Folate ECF transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,39512
ポリマ－134,7476
非ポリマー2,6486
水00
1
A: Folate ECF transporter
B: Folate ECF transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7984
ポリマ－44,9162
非ポリマー8832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
2
C: Folate ECF transporter
D: Folate ECF transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7984
ポリマ－44,9162
非ポリマー8832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17320 Å2
手法PISA
3
E: Folate ECF transporter
F: Folate ECF transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7984
ポリマ－44,9162
非ポリマー8832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.752, 92.752, 183.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Folate ECF transporter / Ef-FolT / Uncharacterized protein


分子量: 22457.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌)
株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_0940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837A3
#2: 化合物
ChemComp-FOL / FOLIC ACID


分子量: 441.397 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 15% (w/v) polyethylene glycol 2000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.194→40 Å / Num. obs: 28978 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 72.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 1.68 / Net I/av σ(I): 11.375 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 101633
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.2-3.313.529020.820.8551.11499.3
3.31-3.453.629530.8960.5931.23999.20.976
3.45-3.63.628990.9570.3811.36499.60.6260.738
3.6-3.793.629450.9780.2781.44599.40.4560.538
3.79-4.033.629370.9640.2261.63299.50.3680.435
4.03-4.343.628630.9860.1342.01698.50.2150.255
4.34-4.783.529020.9850.1072.08197.60.1690.202
4.78-5.473.429070.9810.1022.29997.70.1610.193
5.47-6.883.428570.9870.0771.76597.60.1230.146
6.88-403.228130.9950.0361.95494.80.0560.067

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HUQ

4huq


解像度: 3.194→33.569 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 47.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3564 2000 8.98 %1
Rwork0.2934 ---
obs0.299 22266 76.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.194→33.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7670 0 192 0 7862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0178153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4711113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5432686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1291268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1945-3.27430.4877340.2864354X-RAY DIFFRACTION19
3.2743-3.36280.2798510.2831469X-RAY DIFFRACTION25
3.3628-3.46160.4289650.2898668X-RAY DIFFRACTION35
3.4616-3.57320.424860.2964877X-RAY DIFFRACTION46
3.5732-3.70080.39081300.32031318X-RAY DIFFRACTION69
3.7008-3.84880.42291800.33741857X-RAY DIFFRACTION98
3.8488-4.02360.38431880.31621881X-RAY DIFFRACTION98
4.0236-4.23540.37211790.30151820X-RAY DIFFRACTION97
4.2354-4.50020.36071850.27681859X-RAY DIFFRACTION98
4.5002-4.84670.36221860.28171817X-RAY DIFFRACTION96
4.8467-5.33270.39541680.29351840X-RAY DIFFRACTION97
5.3327-6.10030.40581800.32481875X-RAY DIFFRACTION98
6.1003-7.67060.34221810.32161863X-RAY DIFFRACTION97
7.6706-33.57120.30291870.26461768X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.7366 Å / Origin y: 32.4503 Å / Origin z: 20.4339 Å
111213212223313233
T0.538 Å2-0.0016 Å2-0.0493 Å2-0.6147 Å20.0097 Å2--0.6837 Å2
L0.0559 °20.055 °2-0.105 °2-0.4499 °2-0.1002 °2--1.0232 °2
S0.0089 Å °0.076 Å °-0.0041 Å °-0.0621 Å °-0.0218 Å °0.0965 Å °0.0181 Å °-0.3152 Å °0.0162 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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