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万見
- PDB-4z4k: Crystal structure of GFP-TAX1BP1 UBZ1+2 domain fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z4k
タイトルCrystal structure of GFP-TAX1BP1 UBZ1+2 domain fusion protein
要素Green fluorescent protein,Tax1-binding protein 1
キーワードFlurorescent Protein / Metal Binding Protein / GFP / TAX1BP1 / UBZ / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to phagocytic vesicle / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phagophore assembly site / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / autophagosome / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Regulation of TNFR1 signaling ...protein localization to phagocytic vesicle / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phagophore assembly site / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / autophagosome / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Regulation of TNFR1 signaling / kinase binding / autophagy / protein-macromolecule adaptor activity / cytoplasmic vesicle / innate immune response / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcium binding and coiled-coil domain-like / Calcium binding and coiled-coil domain (CALCOCO1) like / Autophagy receptor zinc finger-C2H2 domain / SKICH domain / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP ...Calcium binding and coiled-coil domain-like / Calcium binding and coiled-coil domain (CALCOCO1) like / Autophagy receptor zinc finger-C2H2 domain / SKICH domain / SKICH domain / CALCOCO1/2, zinc finger UBZ1-type / Zinc finger UBZ1-type profile. / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Tax1-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rohaim, A. / Kawasaki, M. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: A novel mode of ubiquitin recognition by the ubiquitin-binding zinc finger domain of WRNIP1.
著者: Suzuki, N. / Rohaim, A. / Kato, R. / Dikic, I. / Wakatsuki, S. / Kawasaki, M.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Tax1-binding protein 1
B: Green fluorescent protein,Tax1-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7646
ポリマ－66,5032
非ポリマー2624
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.885, 83.334, 128.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHRAA3 - 636 - 66
21LYSLYSTHRTHRBB3 - 636 - 66
12VALVALPHEPHEAA68 - 28969 - 290
22VALVALPHEPHEBB68 - 28969 - 290

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,Tax1-binding protein 1 / TRAF6-binding protein


分子量: 33251.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UBZ1 and UBZ2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GFP, TAX1BP1, T6BP, PRO0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: Q86VP1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14819 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 4.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EMA

1ema


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 37.403 / SU ML: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27968 774 5 %RANDOM
Rwork0.20596 ---
obs0.20966 14819 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4580 0 4 58 4642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.9526356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.60639994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.155557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59425.124242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.12915793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3371514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8472.8732246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8462.8712245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1474.32797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1464.3032798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8673.0852460
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8673.0872461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2314.5423560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.34522.7695072
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.33922.7815071
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A28870.13
12B28870.13
21A115240.16
22B115240.16
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 43 -
Rwork0.304 1080 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86030.10810.34971.3686-0.04170.69890.04440.08910.01210.0322-0.05240.0421-0.04730.02240.00790.08560.0133-0.00180.0589-0.00870.0916-28.5886-2.8568-2.2059
21.30440.43470.34941.06370.59021.39670.26-0.17820.20980.4378-0.26160.00250.1291-0.17810.00160.3324-0.10970.03080.0686-0.01360.0402-19.952612.865525.1785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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