PDB-4z3d: Human carbonyl reductase 1 with glutathione in a protective confi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z3d

タイトル

Human carbonyl reductase 1 with glutathione in a protective configuration

要素

Carbonyl reductase [NADPH] 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glutathione / NADPH / Carbonyl Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) activity / prostaglandin-E2 9-reductase / prostaglandin E2 9-reductase activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / carbonyl reductase (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ding, Y. / Liang, Q.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural insights on the catalytic site protection of human carbonyl reductase 1 by glutathione.
著者: Liang, Q. / Liu, R. / Du, S. / Ding, Y.

履歴

登録	2015年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z3d.cif.gz	243.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z3d.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4z3d_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z3d_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4z3d_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	4z3d_validation.cif.gz	77.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/4z3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6kp5-1 3h9a-d 1yef-d 6b3d-d 6vbp-2 2i91-1 1xq9-d 3mnw-d 3fca-d 1e59-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
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#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
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ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
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#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
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ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonyl reductase [NADPH] 1

B: Carbonyl reductase [NADPH] 1

C: Carbonyl reductase [NADPH] 1

D: Carbonyl reductase [NADPH] 1

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonyl reductase [NADPH] 1

B: Carbonyl reductase [NADPH] 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carbonyl reductase [NADPH] 1

D: Carbonyl reductase [NADPH] 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.567, 57.180, 99.453
Angle α, β, γ (deg.)	82.99, 87.32, 85.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Carbonyl reductase [NADPH] 1 / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NADP(+)] / NADPH-dependent carbonyl reductase 1 / ...15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase [NADP(+)] / NADPH-dependent carbonyl reductase 1 / Prostaglandin 9-ketoreductase / Prostaglandin-E(2) 9-reductase / Short chain dehydrogenase/reductase family 21C member 1 分子量: 30284.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBR1, CBR, CRN, SDR21C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P16152, carbonyl reductase (NADPH), 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+), prostaglandin-E2 9-reductase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1045 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 28% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 273 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.99, 1.5

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月20日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99	1
2	1.5	1

反射

解像度: 1.5→38.26 Å / Num. obs: 184583 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 7.567 % / Net I/σ(I): 2.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.8→30.02 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	5506	5.1 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.183	107861	96.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8280	0	272	1045	9597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.305	11855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.466	3235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2519	161	0.2164	3431	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8205-1.8419	0.2879	199	0.2158	3417	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8419-1.8643	0.2553	183	0.2162	3315	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8643-1.8879	0.2735	167	0.2044	3412	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8879-1.9128	0.2354	182	0.1983	3456	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9128-1.939	0.2418	183	0.19	3339	X-RAY DIFFRACTION	96
1.939-1.9667	0.2209	200	0.1899	3460	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9667-1.996	0.2329	202	0.1874	3353	X-RAY DIFFRACTION	95
1.996-2.0272	0.2311	194	0.1841	3431	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0272-2.0604	0.227	164	0.1767	3403	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0604-2.0959	0.2183	188	0.1898	3414	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0959-2.134	0.2021	173	0.1877	3448	X-RAY DIFFRACTION	96
2.134-2.1751	0.2415	189	0.179	3411	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1751-2.2195	0.2169	176	0.1712	3428	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2195-2.2677	0.2076	176	0.1688	3425	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2677-2.3204	0.2088	191	0.1728	3420	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3204-2.3784	0.2062	172	0.176	3418	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3784-2.4427	0.1966	177	0.1816	3417	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4427-2.5146	0.2327	203	0.1856	3413	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5146-2.5957	0.2338	173	0.189	3413	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5957-2.6884	0.2224	177	0.191	3444	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6884-2.796	0.2421	186	0.1866	3397	X-RAY DIFFRACTION	96
2.796-2.9231	0.2052	199	0.1908	3411	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9231-3.0771	0.2348	176	0.1953	3438	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0771-3.2696	0.1962	179	0.187	3438	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2696-3.5217	0.2004	193	0.182	3451	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5217-3.8755	0.2117	173	0.169	3413	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8755-4.4347	0.1505	176	0.1562	3505	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4347-5.5814	0.1777	203	0.1639	3487	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5814-30.0295	0.2301	191	0.1929	3147	X-RAY DIFFRACTION	89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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