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- PDB-4z31: Crystal structure of the RC3H2 ROQ domain in complex with stem-lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z31
タイトルCrystal structure of the RC3H2 ROQ domain in complex with stem-loop and double-stranded forms of RNA
要素
  • RNA (5'-R(*A)-D(P*UP*GP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
  • Roquin-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / roquin2 / RNA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / T follicular helper cell differentiation / limb development / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / lung alveolus development / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development / T cell proliferation ...regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / T follicular helper cell differentiation / limb development / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / lung alveolus development / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / post-embryonic development / P-body / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / multicellular organism growth / RNA stem-loop binding / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / T cell receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Roquin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者DONG, A. / ZHANG, Q. / TEMPEL, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / TONG, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: New Insights into the RNA-Binding and E3 Ubiquitin Ligase Activities of Roquins.
著者: Zhang, Q. / Fan, L. / Hou, F. / Dong, A. / Wang, Y.X. / Tong, Y.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-2
B: Roquin-2
C: RNA (5'-R(*A)-D(P*UP*GP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*A)-D(P*UP*GP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*A)-D(P*UP*GP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*A)-D(P*UP*GP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5979
ポリマ－90,5626
非ポリマー353
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area36210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.299, 174.734, 61.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNTYRTYRAA92 - 3957 - 310
21ASNASNTYRTYRBB92 - 3957 - 310
12UUCCCC2 - 132 - 13
22UUCCDD2 - 132 - 13
13AACCEE1 - 151 - 15
23AACCFF1 - 151 - 15

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Roquin-2 / Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 2 / RING finger protein 164


分子量: 35773.043 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 87-404 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H2, MNAB, RNF164 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9HBD1
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*A)-D(P*UP*GP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4753.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The protein was diluted to 6.7 mg/ml then mixed with IER3 RNA at a ratio 1:2 before crystallized. 17% PEG10000, 0.1 M Bis-Tris pH6.5, 5% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39757 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.008 / Net I/av σ(I): 25.429 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 236295
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.545.40.8319550.8010.3770.9130.61397.6
2.54-2.595.60.83619250.8230.370.9160.61397.4
2.59-2.645.70.74519840.8640.3240.8140.62797.5
2.64-2.695.80.66919200.8890.2890.730.63797.8
2.69-2.755.80.57719720.9010.250.630.65497.7
2.75-2.825.90.49419680.9380.2120.5390.70499
2.82-2.895.90.37919790.9640.1640.4140.72199.1
2.89-2.965.90.28819890.9740.1250.3150.75299.7
2.96-3.055.90.2319870.9820.0990.2510.79899.1
3.05-3.155.90.19320110.9860.0840.2110.87499.4
3.15-3.265.90.14419690.9910.0620.1570.95399.6
3.26-3.3960.12320110.9940.0530.1341.04599.4
3.39-3.5560.10419950.9930.0450.1141.14999.6
3.55-3.7360.09119880.9940.040.11.36999.6
3.73-3.976.10.08419960.9950.0360.0921.51299.8
3.97-4.276.10.07820170.9950.0330.0851.612100
4.27-4.76.20.06720200.9960.0290.0731.516100
4.7-5.386.10.05819960.9970.0250.0641.19100
5.38-6.786.20.0520350.9980.0220.0551.257100
6.78-506.20.03920400.9630.0180.0431.27299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QIK

4qik


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.927 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2592 822 2.1 %RANDOM
Rwork0.2451 ---
obs0.2454 38676 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.35 Å2 / Biso mean: 62.219 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å20.54 Å2
2---0.84 Å2-0 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 1221 3 40 5798
Biso mean--51.44 56.47 -
残基数----646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0175980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.7978380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.218311630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6935586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.0123.596203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39415795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1961541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0176.1642350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0176.1622349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2759.2372931
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A335660.09
12B335660.09
21C17000.18
22D17000.18
31E23560.05
32F23560.05
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 69 -
Rwork0.351 2733 -
all-2802 -
obs--95.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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