[日本語] English
万見
- PDB-1yrz: Crystal structure of xylan beta-1,4-xylosidase from Bacillus Halo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yrz
タイトルCrystal structure of xylan beta-1,4-xylosidase from Bacillus Halodurans C-125
要素xylan beta-1,4-xylosidase
キーワードHYDROLASE / Structural genomics / NYSGXRC target T1997 / xylosidase / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 ...: / Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylan beta-1,4-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of xylan beta-1,4-xylosidase from Bacillus Halodurans C-125
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C.
履歴
登録2005年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: xylan beta-1,4-xylosidase
B: xylan beta-1,4-xylosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1232
ポリマ－121,1232
非ポリマー00
水7,368409
1
A: xylan beta-1,4-xylosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5611
ポリマ－60,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: xylan beta-1,4-xylosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5611
ポリマ－60,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.063, 125.817, 97.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 xylan beta-1,4-xylosidase


分子量: 60561.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K6P5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: MPD, BisTris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.979
シンクロトロンNSLS X9A20.97934, 0.97911, 0.97166
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年9月23日
MARRESEARCH2CCD2004年9月23日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979341
30.979111
40.971661
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 83621 / Num. obs: 83621 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→24.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 187903.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 4214 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.209 83621 --
obs0.209 83621 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.9644 Å2 / ksol: 0.364378 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.21 Å20 Å25.75 Å2
2---6.98 Å20 Å2
3----1.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8458 0 0 409 8867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 413 5.2 %
Rwork0.248 7597 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る