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- PDB-2hc9: Structure of Caenorhabditis elegans leucine aminopeptidase-zinc c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hc9
タイトルStructure of Caenorhabditis elegans leucine aminopeptidase-zinc complex (LAP1)
要素Leucine aminopeptidase 1
キーワードHYDROLASE / peptidase / carbonate / structural genomics / aminopeptidase / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of egg-laying behavior / leucyl aminopeptidase / regulation of growth rate / metalloaminopeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zn-dependent exopeptidases / Probable aminopeptidase NPEPL1, N-terminal / M17 aminopeptidase N-terminal domain 2 / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Rossmann fold ...Zn-dependent exopeptidases / Probable aminopeptidase NPEPL1, N-terminal / M17 aminopeptidase N-terminal domain 2 / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Zn peptidases / Aminopeptidase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Leucine aminopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Wengerter, B.C. / Ramagopal, U. / Milstein, S. / Vidal, M. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Function of Caenorhabditis Elegans Leucine Aminopeptidase
著者: Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Wengerter, B.C. / Ramagopal, U. / Milstein, S. / Vidal, M. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine aminopeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,35623
ポリマ－52,4761
非ポリマー1,88022
水12,016667
1
A: Leucine aminopeptidase 1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,139138
ポリマ－314,8566
非ポリマー11,283132
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area53250 Å2
ΔGint-786 kcal/mol
Surface area87760 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.309, 131.309, 126.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2197-

HOH

21A-2466-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Leucine aminopeptidase 1


分子量: 52476.031 Da / 分子数: 1 / 変異: F440L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lap-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: P34629, leucyl aminopeptidase

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非ポリマー , 6種, 689分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS, 2 M AMMONIUM SULFATE, PH 8.5, 10% GLYCEROL, 200 MM SODIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 55114 / Num. obs: 55114 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5362 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HB6

2hb6


解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.955 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17526 1701 3.1 %RANDOM
Rwork0.1417 ---
all0.15 53285 --
obs0.14276 53285 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3665 0 113 667 4445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223964
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.9885377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0955527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7624.933150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89915675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3811515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.32090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.52692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.5957
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.3107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.599
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.50822494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.41934034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.00221495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.61331327
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 129 -
Rwork0.185 3866 -
obs-3995 99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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