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万見
- PDB-4z22: structure of plasmepsin II from Plasmodium Falciparum complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z22
タイトルstructure of plasmepsin II from Plasmodium Falciparum complexed with inhibitor DR718A
要素Plasmepsin-2
キーワードHYDROLASE / plasmepsin II / malaria / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4KG / Plasmepsin II / Plasmepsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Recacha, R. / Leitans, J. / Tars, K. / Jaudzems, K.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Fragment-Based Discovery of 2-Aminoquinazolin-4(3H)-ones As Novel Class Nonpeptidomimetic Inhibitors of the Plasmepsins I, II, and IV.
著者: Rasina, D. / Otikovs, M. / Leitans, J. / Recacha, R. / Borysov, O.V. / Kanepe-Lapsa, I. / Domraceva, I. / Pantelejevs, T. / Tars, K. / Blackman, M.J. / Jaudzems, K. / Jirgensons, A.
#1: ジャーナル: Nat. Struct. Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the novel aspartic proteinase zymogen proplasmepsin II from plasmodium falciparum.
著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Loetscher, H. / Ridley, R.G. / James, M.N.
#2: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural insights into the activation of P. vivax plasmepsin.
著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Yowell, C.A. / Dame, J.B. / James, M.N.
履歴
登録2015年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin-2
B: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6144
ポリマ－73,8192
非ポリマー7952
水1,29772
1
A: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3072
ポリマ－36,9101
非ポリマー3971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3072
ポリマ－36,9101
非ポリマー3971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.450, 174.690, 138.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Plasmepsin-2 / plasmepsin II


分子量: 36909.617 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 125-453 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFAG_05140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7FL77, UniProt: P46925*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-4KG / 2-amino-7-phenyl-3-{[(2R,5S)-5-phenyltetrahydrofuran-2-yl]methyl}quinazolin-4(3H)-one


分子量: 397.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M CITRIC ACID, PH 4.5, 0.4M AMMONIUM ACETATE, 21% PEG 3350, PROTEIN 10 MG/ML, 10 MM INHIBITOR (in 100% DMSO)
PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→87.345 Å / Num. all: 19551 / Num. obs: 19551 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 7.281 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 66480
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.62-2.7630.5811.3815327140.3860.581296.3
2.76-2.933.20.3512.2840826470.230.3513.299.5
2.93-3.133.40.2183.5864025200.1370.2184.899.9
3.13-3.383.60.1375.6840423660.0840.1377.2100
3.38-3.713.60.0918.2779921760.0550.09110.2100
3.71-4.143.60.06510.6714319860.040.06513.2100
4.14-4.783.60.05510.9628317640.0330.05517100
4.78-5.863.50.0718.7528814990.0430.07116.5100
5.86-8.293.50.05511.2415011890.0340.05516100
8.29-41.6643.20.02716.522126900.0180.02719.499

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2.62データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BJU

2bju


解像度: 2.62→41.664 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 983 5.04 %Random selection
Rwork0.2058 ---
obs0.2082 19515 99.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→41.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5210 0 60 72 5342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8147447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6221951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.75810.35511380.29092511X-RAY DIFFRACTION96
2.7581-2.93090.3121210.27462621X-RAY DIFFRACTION99
2.9309-3.15710.33721330.25052628X-RAY DIFFRACTION100
3.1571-3.47470.29631530.22232638X-RAY DIFFRACTION100
3.4747-3.97710.2691520.19772641X-RAY DIFFRACTION100
3.9771-5.00940.18951340.16142680X-RAY DIFFRACTION100
5.0094-41.66890.2051520.18712813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8478-0.64950.30072.11550.06521.1389-0.04890.37710.215-0.0839-0.04970.0583-0.15480.03680.07210.27930.0169-0.00460.27710.01190.2088-4.5084-0.4937-18.0877
23.505-0.55670.19612.9553-1.2351.64250.06010.03-0.1417-0.7803-0.4597-0.55820.70890.37040.14610.76560.32050.34810.47850.19690.60312.189341.2412-17.3825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:329)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:329)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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