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- PDB-4z1o: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z1o
タイトルHypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus in complex with alpha-phosphoribosylpyrophosphoric acid (PRPP) and Magnesium
要素Phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / phosphoribosyltransferase / HGXPRT / HGPRT
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PRP / Phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Christoffersen, S.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus in complex with alpha-phosphoribosylpyrophosphoric acid (PRPP) and Magnesium
著者: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyltransferase
B: Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1936
ポリマ－41,3642
非ポリマー8294
水6,305350
1
A: Phosphoribosyltransferase
B: Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphoribosyltransferase
B: Phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,38612
ポリマ－82,7284
非ポリマー1,6588
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14510 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.784, 73.784, 142.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-480-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosyltransferase


分子量: 20682.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ordered Locus name SSO2424
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: 98/2 / 遺伝子: GpT-2 / プラスミド: pKU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1830
参照: UniProt: D0KMY9, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 15% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 411125 / Num. obs: 22230 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.56 % / Biso Wilson estimate: 31.23 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 12.35 / Num. measured all: 411125
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique allNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.15-2.280.8680.8673.12628503501343334330.89198.1
2.28-2.440.9510.6034.7266250331933180.618100
2.44-2.630.9770.4097.260910309530950.419100
2.63-2.880.9840.3059.9854591284028390.314100
2.88-3.220.9920.2091449750261826180.215100
3.22-3.720.9930.15919.3840769230723070.163100
3.72-4.540.9940.12923.7532977199819970.13499.9
4.54-6.390.9940.11526.3727537157715770.119100
6.390.9950.09327.03154919759670.09699.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.69 Å47.61 Å
Translation4.69 Å47.61 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VDM

1vdm


解像度: 2.15→42.136 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2787 1111 5.02 %Random selection
Rwork0.1886 21040 --
obs0.1932 22151 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.82 Å2 / Biso mean: 36.051 Å2 / Biso min: 10.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→42.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2839 0 46 350 3235
Biso mean--26.93 42.43 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0314020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2991108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1504-2.24830.34551320.27282516264898
2.2483-2.36680.31281370.230825822719100
2.3668-2.51510.30631360.2125922728100
2.5151-2.70930.33121370.21426022739100
2.7093-2.98180.30491380.202726152753100
2.9818-3.41320.27461390.182826292768100
3.4132-4.29950.26981410.157826672808100
4.2995-42.14420.23841510.17528372988100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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