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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z1o | |||||||||
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タイトル | Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus in complex with alpha-phosphoribosylpyrophosphoric acid (PRPP) and Magnesium | |||||||||
![]() | Phosphoribosyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / phosphoribosyltransferase / HGXPRT / HGPRT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Christoffersen, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus in complex with alpha-phosphoribosylpyrophosphoric acid (PRPP) and Magnesium 著者: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vdmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20682.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ordered Locus name SSO2424 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 98/2 / 遺伝子: GpT-2 / プラスミド: pKU1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: D0KMY9, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 15% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 411125 / Num. obs: 22230 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.56 % / Biso Wilson estimate: 31.23 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 12.35 / Num. measured all: 411125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VDM 解像度: 2.15→42.136 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.82 Å2 / Biso mean: 36.051 Å2 / Biso min: 10.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→42.136 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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