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- PDB-5bqo: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bqo | ||||||
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Title | Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus with sulfate bound in the 5-phosphoribosyl binding site. | ||||||
![]() | Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HGXPRT / HGPRT / purine phosphoribosyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() XMP salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Christoffersen, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Sulfolobus solfataricus P2 Authors: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 188 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 482.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 62.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zfnSC ![]() 5bqpC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20682.057 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: hgxprt, UNP residues 1-179 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: gpT-2, SSO2424 / Plasmid: pKU1 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q97W22, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 0.8 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9395 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→50 Å / Num. all: 53296 / Num. obs: 52739 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 47.83 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rrim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.16 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 9.49 / Num. measured all: 464194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4ZFN Resolution: 2.394→47.991 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 120.64 Å2 / Biso mean: 54.2489 Å2 / Biso min: 20.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.394→47.991 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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