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Yorodumi- PDB-6d9q: The sulfate-bound crystal structure of HPRT (hypoxanthine phospho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d9q | ||||||||||||
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Title | The sulfate-bound crystal structure of HPRT (hypoxanthine phosphoribosyltransferase) | ||||||||||||
Components | Hypoxanthine phosphoribosyltransferaseHypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / HPRT / hypoxanthine phosphoribosyltransferase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.056 Å | ||||||||||||
Authors | Satyshur, K.A. / Dubiel, K. / Anderson, B. / Wolak, C. / Keck, J.L. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2019 Title: Evolution of (p)ppGpp-HPRT regulation through diversification of an allosteric oligomeric interaction. Authors: Anderson, B.W. / Liu, K. / Wolak, C. / Dubiel, K. / She, F. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Wang, J.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d9q.cif.gz | 430.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d9q.ent.gz | 363.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d9q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6d9rC 6d9sC 3h83S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20503.646 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) Gene: hpt, hprT, hpt1, tilS, BA_0063, A9486_05730, ABW01_27435, BASH2_00187, BVG01_28865, CN272_24955, CN488_12230, CN504_22375, COE56_22980, COJ30_24475, COK92_19380, COL95_25280, MCCC1A01412_27610 Plasmid: pLIC-trPC-HA / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) References: UniProt: A0A1S0QLD4, UniProt: B9ZW32*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.74 % / Description: Long rhomboidal crystals |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.01 M cobalt [II] chloride hexahydrate, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 1.8 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2015 |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.056→50 Å / Num. obs: 60325 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 10.8 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 24.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.056→2.13 Å / Redundancy: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 5683 / CC1/2: 0.804 / Rrim(I) all: 0.888 / Χ2: 0.848 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3H83 Resolution: 2.056→41.299 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.056→41.299 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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