PDB-6d9s: The (p)ppGpp-bound crystal structure of HPRT (hypoxanthine phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d9s

タイトル

The (p)ppGpp-bound crystal structure of HPRT (hypoxanthine phosphoribosyltransferase)

要素

Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / HPRT / hypoxanthine phosphoribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.105 Å

データ登録者

Satyshur, K.A. / Dubiel, K. / Anderson, B. / Wolak, C. / Keck, J.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM084003	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM07215	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DGE-1256259	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Evolution of (p)ppGpp-HPRT regulation through diversification of an allosteric oligomeric interaction.
著者: Anderson, B.W. / Liu, K. / Wolak, C. / Dubiel, K. / She, F. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Wang, J.D.

履歴

登録	2018年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d9s.cif.gz	231.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d9s.ent.gz	191.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d9s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d9qC 6d9rC 3h83S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yfz-1 6juf-d 6lb9-d 4hjw-2 4hcl-d 3zpx-d 3w8q-1 6eqn-d 6mfb-1 7m0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
85.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.611, 82.611, 174.916
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / HPRT 分子量: 20503.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: hpt, hprT, hpt1, tilS, BA_0063, A9486_05730, ABW01_27435, BASH2_00187, BVG01_28865, CN272_24955, CN488_12230, CN504_22375, COE56_22980, COJ30_24475, COK92_19380, COL95_25280, MCCC1A01412_27610 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1S0QLD4, UniProt: B9ZW32*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₅O₁₇P₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, pH 6.6, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月10日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 40594 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.1 % / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 2.289 / Net I/σ(I): 16.41
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 3928 / CC_1/2: 0.724 / R_pim(I) all: 0.489 / Χ²: 0.982 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3H83

3h83

解像度: 2.105→40.2 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	1986	4.91 %
R_work	0.2017	-	-
obs	0.2037	40414	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.105→40.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2824	0	116	118	3058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	4053
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.272	1814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	488

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1054-2.1581	0.339	131	0.339	2520	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1581-2.2164	0.3751	136	0.3239	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2164-2.2816	0.3425	141	0.2966	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2816-2.3553	0.302	144	0.2892	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3553-2.4394	0.3298	140	0.2768	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4394-2.5371	0.272	143	0.2578	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5371-2.6525	0.2771	140	0.2503	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6525-2.7923	0.3123	143	0.2615	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7923-2.9672	0.3487	142	0.2704	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9672-3.1963	0.3277	140	0.2528	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1963-3.5177	0.2909	144	0.2195	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5177-4.0264	0.2456	146	0.1796	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0264-5.0712	0.1712	143	0.1383	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0712-40.2072	0.2003	153	0.1762	2941	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2972	-0.0506	1.0287	2.7939	2.5857	2.9783	-0.4114	-0.4937	-0.073	0.4491	0.2882	-0.5432	-0.1971	1.0021	-0.1083	0.833	0.062	-0.1227	0.6872	-0.0688	0.6526	72.9158	-21.2705	30.896
2	6.3487	5.6409	1.8746	5.4376	0.75	2.436	0.3011	0.0194	0.2934	1.4821	-0.3736	0.549	-0.357	-0.5227	0.2118	0.8133	0.2201	0.0573	0.6351	-0.0198	0.5425	55.4947	-28.8474	32.8526
3	2.4563	-2.992	-2.613	9.7084	5.8562	3.9474	-0.0115	-0.072	-0.0687	0.4404	0.2814	0.3648	0.0936	-0.8902	0.0051	0.6312	0.1283	0.069	0.7767	-0.0478	0.5841	43.1085	-35.8807	24.3205
4	3.5084	1.1956	-2.2592	0.3702	-0.357	6.0624	0.0409	0.1927	0.17	0.2268	0.0172	-0.0904	-0.2966	0.0224	-0.1339	0.5108	0.2246	-0.0072	0.5474	0.018	0.542	57.1964	-32.4149	16.4492
5	4.6991	4.5475	-5.8697	4.4729	-5.9496	8.1324	0.3262	0.3548	-0.0606	0.5347	-0.0102	0.2961	-0.655	-0.3311	-0.0185	0.521	0.1716	-0.0544	0.7438	-0.0138	0.5131	52.7409	-30.2985	5.5886
6	0.4487	0.6358	0.2779	1.5607	-0.4048	2.9432	-0.0221	0.2499	0.2512	0.2571	0.2699	0.2264	-0.759	-0.4459	-0.2955	0.6296	0.3098	0.0113	0.7418	-0.039	0.6162	51.6497	-24.4117	11.1388
7	5.8962	5.0798	3.0194	7.4466	4.8266	5.5759	-0.364	-0.1142	0.7182	-0.4886	0.1058	0.6717	-1.1486	-0.6883	0.1128	0.7522	0.3339	0.03	0.6188	0.0022	0.5097	50.2136	-20.4375	17.0497
8	7.893	-0.2642	-1.2264	2.0397	1.0031	2.1808	-0.0054	0.2095	0.5795	-0.0221	0.1314	-0.0875	-0.6614	0.0175	-0.0886	0.7022	0.1509	-0.0116	0.5001	0.0058	0.4758	67.4015	-19.7993	22.9113
9	7.717	-3.0235	4.5573	5.1524	-4.6283	4.648	0.2573	0.6803	-0.7226	-0.8608	0.1445	0.3226	1.1616	-0.0301	-0.3622	0.6447	0.0159	-0.0222	0.8694	-0.1545	0.7296	53.3328	-50.3784	-30.4139
10	5.432	0.753	0.255	7.5366	5.9428	4.6744	-0.026	0.4954	-0.1711	-0.8903	-0.5566	0.6405	-0.6756	-0.7111	0.6491	0.5748	0.1417	-0.0624	0.8207	0.1034	0.5525	50.7992	-26.9516	-29.7259
11	2.1742	1.7495	-1.3587	2.082	-0.3755	4.8864	-0.1531	0.1336	-0.0568	-0.0204	-0.1109	-0.09	-0.2843	-0.2391	0.282	0.4167	0.151	-0.0436	0.7275	-0.0299	0.5243	57.0524	-27.5151	-18.0732
12	8.6428	-5.4256	4.1439	6.6326	-3.2018	2.0992	-0.987	-0.1893	-1.2356	0.4119	1.3066	0.7677	0.4647	-4.1668	-0.5512	0.83	-0.0757	0.1704	1.7893	0.1073	0.7051	44.2756	-41.3643	-0.3669
13	2.2998	0.1959	0.929	2.3294	-1.2188	5.1468	-0.0826	0.0594	0.1349	0.2026	0.1793	0.2166	-0.3258	-0.8297	-0.0595	0.4014	0.1881	0.0217	0.7557	-0.0453	0.4808	50.4634	-29.7194	-8.269
14	3.2829	-0.5991	1.0314	7.4654	4.7569	8.7358	0.0208	0.3517	0.0954	-0.1773	-0.3498	0.7673	-0.5415	-1.3602	0.3395	0.4049	0.2112	0.0559	0.9335	0.0441	0.4624	44.864	-28.6618	-13.3877
15	3.8678	3.5038	-0.1923	4.364	-2.683	5.2049	-0.2651	-0.2111	0.1868	0.3181	0.3774	0.107	-0.655	-1.5589	0.0041	0.3405	0.2011	0.003	1.2142	0.0236	0.5818	40.6296	-33.2312	-19.6496
16	8.6295	1.9875	4.5037	6.1052	-1.0285	3.2886	0.1703	0.0594	-0.5245	0.0701	0.4548	0.1826	0.6253	-0.6256	-0.5795	0.4763	0.0019	0.0354	0.7577	0.0563	0.5318	51.8808	-49.3384	-22.1644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:25)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 26:36)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 37:74)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 75:94)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 95:118)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 119:140)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 141:179)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 0:13)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 14:31)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 32:69)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 70:77)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 78:115)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 116:135)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 136:149)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 150:179)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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