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万見
- PDB-6lb9: Magnesium ion-bound SspB crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lb9
タイトルMagnesium ion-bound SspB crystal structure
要素DUF4007 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / DNase / PT
機能・相同性Domain of unknown function DUF4007 / Protein of unknown function (DUF4007) / metal ion binding / DUF4007 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.227 Å
データ登録者Liqiong, L. / Yubing, Z.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defence system with broad anti-phage activities.
著者: Xiong, X. / Wu, G. / Wei, Y. / Liu, L. / Zhang, Y. / Su, R. / Jiang, X. / Li, M. / Gao, H. / Tian, X. / Zhang, Y. / Hu, L. / Chen, S. / Tang, Y. / Jiang, S. / Huang, R. / Li, Z. / Wang, Y. / ...著者: Xiong, X. / Wu, G. / Wei, Y. / Liu, L. / Zhang, Y. / Su, R. / Jiang, X. / Li, M. / Gao, H. / Tian, X. / Zhang, Y. / Hu, L. / Chen, S. / Tang, Y. / Jiang, S. / Huang, R. / Li, Z. / Wang, Y. / Deng, Z. / Wang, J. / Dedon, P.C. / Chen, S. / Wang, L.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF4007 domain-containing protein
B: DUF4007 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5454
ポリマ－82,4972
非ポリマー492
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.248, 80.249, 146.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DUF4007 domain-containing protein / SspB protein


分子量: 41248.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (strain ATCC 27064 / DSM 738 / JCM 4710 / NBRC 13307 / NCIMB 12785 / NRRL 3585 / VKM Ac-602) (バクテリア)
株: ATCC 27064 / DSM 738 / JCM 4710 / NBRC 13307 / NCIMB 12785 / NRRL 3585 / VKM Ac-602
遺伝子: SCLAV_2519, SSCG_01550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5GPM3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350,0.2M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→73.01 Å / Num. obs: 33730 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / Num. unique obs: 30780 / CC1/2: 0.993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.227→46.605 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1633 5.04 %RANDOM
Rwork0.1958 30776 --
obs0.1987 32409 96.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.35 Å2 / Biso mean: 31.5671 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.227→46.605 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5476 0 2 159 5637
Biso mean--30.71 31.39 -
残基数----689
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.227-2.29290.22991300.2074285599
2.2273-2.29290.27881130.1884220683
2.2929-2.36690.30141090.2042235390
2.3669-2.45150.27871260.2142238291
2.4515-2.54960.31911490.2191247895
2.5496-2.66560.27581280.2145261698
2.6656-2.80620.28531310.207261799
2.8062-2.98190.26991150.20782676100
2.9819-3.21210.27141520.20822637100
3.2121-3.53530.23791670.18552629100
3.5353-4.04660.24571610.1761265299
4.0466-5.09730.21871520.1743267599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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