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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yve | ||||||
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タイトル | ROCK 1 bound to methoxyphenyl thiazole inhibitor | ||||||
要素 | Rho-associated protein kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / dimer / dimerization / myosin / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of angiotensin-activated signaling pathway / apical constriction / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / podocyte cell migration / positive regulation of phosphatase activity / myoblast migration / positive regulation of connective tissue replacement / membrane to membrane docking / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of keratinocyte differentiation ...regulation of angiotensin-activated signaling pathway / apical constriction / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / podocyte cell migration / positive regulation of phosphatase activity / myoblast migration / positive regulation of connective tissue replacement / membrane to membrane docking / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of keratinocyte differentiation / response to transforming growth factor beta / negative regulation of myosin-light-chain-phosphatase activity / regulation of cell junction assembly / positive regulation of dephosphorylation / negative regulation of bicellular tight junction assembly / bleb / regulation of synapse maturation / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / neuron projection arborization / bleb assembly / embryonic morphogenesis / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of biomineral tissue development / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of establishment of endothelial barrier / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of stress fiber assembly / regulation of cell motility / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / regulation of establishment of cell polarity / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of synaptic vesicle endocytosis / motor neuron apoptotic process / RND3 GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of neuron differentiation / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte cell-cell adhesion / RHOB GTPase cycle / tau-protein kinase activity / leukocyte migration / EPHA-mediated growth cone collapse / mRNA destabilization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RHOC GTPase cycle / negative regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of focal adhesion assembly / RHOH GTPase cycle / Rho protein signal transduction / mitotic cytokinesis / smooth muscle contraction / RHOA GTPase cycle / epithelial to mesenchymal transition / canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell adhesion / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cell migration / ruffle / EPHB-mediated forward signaling / centriole / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of protein binding / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / tau protein binding / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / Golgi membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Jacobs, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationships of Pyridine-Based Rho Kinase (ROCK) Inhibitors. 著者: Green, J. / Cao, J. / Bandarage, U.K. / Gao, H. / Court, J. / Marhefka, C. / Jacobs, M. / Taslimi, P. / Newsome, D. / Nakayama, T. / Shah, S. / Rodems, S. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006 タイトル: The structure of dimeric ROCK I reveals the mechanism for ligand selectivity. 著者: Jacobs, M. / Hayakawa, K. / Swenson, L. / Bellon, S. / Fleming, M. / Taslimi, P. / Doran, J. #2: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018 タイトル: ROCK inhibitors 2. Improving potency, selectivity and solubility through the application of rationally designed solubilizing groups. 著者: Gao, H. / Marhefka, C. / Jacobs, M.D. / Cao, J. / Bandarage, U.K. / Green, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yve.cif.gz | 335.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yve.ent.gz | 278.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yve_validation.pdf.gz | 884 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yve_full_validation.pdf.gz | 896.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yve_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yve_validation.cif.gz | 39.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/4yve | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48012.285 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal kinase domain (UNP residues 6-415) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK1 / プラスミド: pBEV10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q13464, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.45 mM protein, 5% PEG3350, 100 mM MES, 50 mM calcium chloride, 10 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.4→29.78 Å / Num. obs: 23765 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.41 % / Biso Wilson estimate: 94.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 2.29 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 178283 / Scaling rejects: 2109 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 2ETR 解像度: 3.4→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9051 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8771 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.427
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原子変位パラメータ | Biso max: 184.88 Å2 / Biso mean: 85.88 Å2 / Biso min: 20 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.728 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.4→19.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.55 Å / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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