登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ytb |
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タイトル | Crystal structure of Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase (PPAD) in complex with dipeptide Asp-Gln. |
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要素 | Peptidylarginine deiminase |
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キーワード | HYDROLASE / Peptidylarginine deiminase / citrullination |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用 / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity / extracellular region類似検索 - 分子機能 Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 ASPARTIC ACID / AZIDE ION / GLUTAMINE / IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / Peptidylarginine deiminase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å |
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データ登録者 | Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. ...Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. / Potempa, B. / Mydel, P. / Sola, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. |
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Structure and mechanism of a bacterial host-protein citrullinating virulence factor, Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase. 著者: Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. / Potempa, B. / Mydel, P. / Sola, M. / Potempa, ...著者: Goulas, T. / Mizgalska, D. / Garcia-Ferrer, I. / Kantyka, T. / Guevara, T. / Szmigielski, B. / Sroka, A. / Millan, C. / Uson, I. / Veillard, F. / Potempa, B. / Mydel, P. / Sola, M. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X. |
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履歴 | 登録 | 2015年3月17日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE |
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改定 1.0 | 2015年7月1日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2015年7月15日 | Group: Database references |
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改定 2.0 | 2018年3月7日 | Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id |
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改定 2.1 | 2024年1月10日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id |
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