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- PDB-4yoq: Crystal Structure of MutY bound to its anti-substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yoq
タイトルCrystal Structure of MutY bound to its anti-substrate
要素
  • A/G-specific adenine glycosylase
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*T*GP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')
キーワードHydrolase/DNA / 8-oxoguanine / base-excision repair / anti-substrate / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) ...A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Wang, L. / Lee, S. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Avoidance of Promutagenic DNA Repair by MutY Adenine DNA Glycosylase.
著者: Wang, L. / Lee, S.J. / Verdine, G.L.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A/G-specific adenine glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*T*GP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2896
ポリマ－48,8223
非ポリマー4673
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.697, 84.594, 142.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 A/G-specific adenine glycosylase


分子量: 42098.926 Da / 分子数: 1 / 変異: N144D, P164C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P83847, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*(8OG)P*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3423.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*T*GP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3300.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 130分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, pH 8.0, 250 mM NaOAc, 29% (wt/vol) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→142.46 Å / Num. obs: 23671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.21→2.28 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RRQ

1rrq


解像度: 2.21→41.408 Å / FOM work R set: 0.8014 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1216 5.15 %
Rwork0.1844 22392 -
obs0.1876 23608 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.8 Å2 / Biso mean: 57.62 Å2 / Biso min: 15.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→41.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 426 15 127 3333
Biso mean--54.7 48.35 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3994609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6171264
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.21-2.29850.38211400.30223972537
2.2985-2.40310.32961390.268624352574
2.4031-2.52980.28611420.231624602602
2.5298-2.68830.29371260.222224722598
2.6883-2.89580.29411430.206924602603
2.8958-3.18710.25231180.196424892607
3.1871-3.6480.24861290.168224792608
3.648-4.59520.2121370.149525312668
4.5952-41.41520.21821420.167926692811
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91360.5771-0.61263.8510.9033.80020.091.24380.0522-0.6275-0.19560.47470.26220.00470.10250.3210.074-0.06930.62370.04310.3736.14987.68840.5544
21.88260.68260.14825.9826-1.11843.647-0.12730.01320.96370.4310.00790.225-0.64830.11880.0260.299-0.0143-0.0120.22080.05910.468213.038199.974215.8475
33.48280.5970.31494.63861.16691.8504-0.0691.3679-0.3653-0.56440.1125-0.4178-0.16340.2119-0.01340.3138-0.03130.04440.7226-0.03010.301416.070884.4421-1.6293
40.11060.2655-0.30023.3222.5084.684-0.28210.6935-0.8373-0.08370.0002-0.12310.2617-0.179-1.15650.44920.02020.01970.825-0.67010.984615.290567.21020.0077
52.77910.164-0.05312.5802-0.46294.53190.0701-1.03970.53821.12490.1752-0.49710.03110.5439-0.13230.742-0.018-0.13740.6929-0.12790.428220.985392.91539.1431
65.474-5.548-5.79785.61835.86596.1272-0.5965-0.405-0.76040.34190.3905-1.0370.82940.99050.19850.34410.01750.06180.50160.00690.668430.900483.063214.6483
71.2473-1.6701-1.65543.83261.1462.9126-0.04710.0909-1.7956-0.2216-0.13180.83511.2902-1.0760.2460.8297-0.2317-0.0430.44640.04270.90859.472977.782121.2065
87.0919-0.0289-0.69393.44980.62286.0626-0.0074-0.6456-0.77720.2828-0.227-0.45251.36430.39370.21520.51060.07-0.02650.58130.13780.517520.72780.650813.6076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 9:50 )A9 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 51:105 )A51 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 106:210 )A106 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 211:234 )A211 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 235:360 )A235 - 360
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 1:5 )B1 - 5
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 7:11 )B7 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 13:22 )C13 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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