+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yoq | ||||||
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Title | Crystal Structure of MutY bound to its anti-substrate | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/DNA / 8-oxoguanine / base-excision repair / anti-substrate / Hydrolase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / mismatch repair / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Wang, L. / Lee, S. / Verdine, G.L. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: Structural Basis for Avoidance of Promutagenic DNA Repair by MutY Adenine DNA Glycosylase. Authors: Wang, L. / Lee, S.J. / Verdine, G.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yoq.cif.gz | 187.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yoq.ent.gz | 144.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yoq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4yoq_validation.pdf.gz | 473.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4yoq_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | Display | |
Data in XML | 4yoq_validation.xml.gz | 17 KB | Display | |
Data in CIF | 4yoq_validation.cif.gz | 23.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yoq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4yphC 4yprC 1rrqS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 42098.926 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N144D, P164C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P83847, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | Mass: 3423.249 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 3300.159 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 4 types, 130 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SF4 / |
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#5: Chemical | ChemComp-NA / |
#6: Chemical | ChemComp-GOL / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 100 mM Tris, pH 8.0, 250 mM NaOAc, 29% (wt/vol) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.21→142.46 Å / Num. obs: 23671 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.9 % / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.21→2.28 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1RRQ Resolution: 2.21→41.408 Å / FOM work R set: 0.8014 / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.8 Å2 / Biso mean: 57.62 Å2 / Biso min: 15.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.21→41.408 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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