PDB-4ynz: Structure of the N-terminal domain of SAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ynz

タイトル

Structure of the N-terminal domain of SAD

要素

Serine/threonine-protein kinase BRSK2

キーワード

TRANSFERASE / kinase domain / UBA domain

機能・相同性

機能・相同性情報

distal axon / microtubule cytoskeleton organization involved in establishment of planar polarity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / regulation of neuron projection development / establishment of cell polarity / exocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wu, J.X. / Wang, J. / Chen, L. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	31130062	中国
National Natural Science Foundation of China	31321003	中国
Ministry of Science and Technology	2011CB910800	中国
Ministry of Science and Technology	2013CB530600	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural insight into the mechanism of synergistic autoinhibition of SAD kinases
著者: Wu, J.X. / Cheng, Y.S. / Wang, J. / Chen, L. / Ding, M. / Wu, J.W.

履歴

登録	2015年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ynz.cif.gz	272.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ynz.ent.gz	221 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ynz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ynz_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ynz_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	4ynz_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	4ynz_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/4ynz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/4ynz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yomC 2hakS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hvd-6 4oby-d 3hvd-4 5gjm-d 3dqg-d 3d2u-1 6yxp-d 3bdn-d 3hvd-9 1ng3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase BRSK2

B: Serine/threonine-protein kinase BRSK2

78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.299, 60.745, 73.937
Angle α, β, γ (deg.)	103.74, 106.48, 107.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase BRSK2 / SADa / Serine/threonine-protein kinase SAD-A 分子量: 39412.773 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Brsk2 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q69Z98, tau-protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase BRSK2 / SADa / Serine/threonine-protein kinase SAD-A

分子量: 39412.773 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Brsk2 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q69Z98, tau-protein kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, 15% PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月16日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 42329 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HAK

2hak

解像度: 2→29.675 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	2124	5.06 %	Random selection
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.192	41937	96.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.969 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.4231 Å²	-0.2844 Å²	-1.7464 Å²
2-	-	-3.3674 Å²	-3.0782 Å²
3-	-	-	-0.0381 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5153	0	0	163	5316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5257
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	7076
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.96	2039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	903

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0465	0.2989	138	0.2617	2387	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0465-2.0977	0.333	146	0.2416	2530	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0977-2.1544	0.277	149	0.2377	2531	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1544-2.2178	0.2868	143	0.2172	2607	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2178-2.2893	0.2604	157	0.2002	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2893-2.3711	0.2591	133	0.2022	2720	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3711-2.466	0.2345	131	0.2	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.466-2.5782	0.2708	137	0.2033	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5782-2.714	0.2715	144	0.1939	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.714-2.8839	0.2517	138	0.1963	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8839-3.1064	0.2485	137	0.1942	2716	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1064-3.4186	0.2255	144	0.1877	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4186-3.9123	0.1951	142	0.1721	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9123-4.9254	0.1819	142	0.1573	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9254-29.6778	0.2207	143	0.2017	2648	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8173	-0.8532	0.1546	2.1983	-0.3516	2.1606	-0.2696	-0.2938	0.1191	0.551	0.1399	-0.0476	-0.4593	-0.2022	0.0744	0.4024	0.0609	-0.0191	0.3626	0.0206	0.4216	-32.5097	27.8922	50.3561
2	2.147	0.0404	-0.744	1.9541	-0.4463	2.5538	-0.2105	-0.4744	0.348	0.3552	-0.0468	-0.2022	-0.6991	-0.0118	0.1249	0.3678	0.0115	-0.0963	0.336	0.0191	0.2587	-23.9047	33.0328	42.6297
3	1.0534	-0.5471	-0.6122	1.1262	-0.7753	2.369	0.0382	-0.0176	0.0422	0.2352	-0.0652	-0.1171	0.0228	-0.5383	0.0539	0.2325	-0.0521	-0.0117	0.33	0.043	0.2623	-29.8614	22.7913	36.8417
4	1.4814	-0.3366	-0.4511	2.1142	-0.7435	2.8884	-0.0899	-0.0048	0.0118	0.0456	-0.0157	-0.1837	0.077	-0.0143	0.0132	0.1508	-0.0502	0.0336	0.2769	0.0176	0.2453	-20.5824	18.6398	28.7125
5	2.6868	0.4083	0.1535	2.1682	0.1618	2.6195	-0.0136	0.0647	-0.7495	-0.229	0.0274	-0.3907	0.8464	0.2759	-0.039	0.401	0.0935	0.0739	0.3396	0.0063	0.4588	-12.2365	5.0353	25.6502
6	3.4555	-0.2368	1.5681	1.7756	-0.0383	2.3398	-0.1495	0.6031	0.3759	-0.4628	-0.0795	-0.2853	0.1071	0.4674	0.093	0.3177	-0.0576	0.0906	0.4169	0.0027	0.267	-15.6071	17.5887	16.031
7	1.0438	0.4034	-0.0307	2.5675	1.019	1.5381	0.1009	0.457	0.4247	-0.0266	0.1057	0.432	-0.6279	-0.2531	-0.108	0.627	0.0414	0.02	0.2453	0.0052	0.2934	-20.3948	47.1207	26.8784
8	3.8245	0.3863	0.8972	2.8541	-0.1962	2.9056	0.2441	-0.2134	-0.2311	0.3163	0.032	-0.0631	-0.1042	0.0663	-0.1522	0.4263	-0.0243	-0.0593	0.2254	-0.0048	0.1859	-16.1545	44.3793	30.346
9	0.8139	0.1396	-0.2231	2.9382	-0.2414	3.1242	-0.1866	0.1678	-0.019	-0.2818	0.2334	0.0031	0.4214	-0.0689	-0.028	0.2073	-0.0396	-0.0099	0.1947	-0.0073	0.1555	-30.2119	5.9548	55.9697
10	2.6509	-0.4338	-0.2369	2.272	-0.0355	2.1012	-0.1354	-0.2408	0.2993	0.3045	0.1218	-0.3936	-0.1672	0.4294	0.0217	0.3181	0.0348	-0.1135	0.2847	-0.0587	0.3431	-19.4428	18.5617	71.2993
11	2.0251	-1.4082	0.293	2.8843	0.4755	0.5861	-0.0081	-0.1091	-0.3413	0.2146	0.1964	0.1954	0.2089	0.032	-0.1473	0.6617	0.1342	-0.0578	0.3363	0.0166	0.3938	-26.4905	-11.5319	69.2921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 9:39)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 40:73)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 74:115)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 116:212)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 213:251)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 252:272)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 273:310)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 311:343)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 9:158)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 159:274)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 275:343)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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