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- PDB-4ynx: Structure of YdiE from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ynx
タイトルStructure of YdiE from E. coli
要素Uncharacterized protein YdiE
キーワードUNKNOWN FUNCTION / heme uptake / small / homo-dimer / conserved
機能・相同性Hemin uptake protein HemP / Hemin uptake protein hemP / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Ribbon / protein homodimerization activity / Mainly Beta / Uncharacterized protein YdiE
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tame, J.R.H. / Nishimura, K. / Zhang, K.Y.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: The crystal and solution structure of YdiE from Escherichia coli
著者: Nishimura, K. / Addy, C. / Shrestha, R. / Voet, A.R. / Zhang, K.Y.J. / Ito, Y. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YdiE
B: Uncharacterized protein YdiE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0174
ポリマ－14,8252
非ポリマー1922
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area5900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.736, 38.189, 54.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YdiE


分子量: 7412.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ydiE / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ACX9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: Crystallization was carried out with full-length YdiE protein, but over 20 residues of each chain are missing from the final electron density map. The Matthews coefficient for the structure ...解説: Crystallization was carried out with full-length YdiE protein, but over 20 residues of each chain are missing from the final electron density map. The Matthews coefficient for the structure is 1.3, assuming all residues to be present, implying a solvent content of under 10%. If only the ordered residues are present in the crystal, the Matthews coefficient is 2.0, implying a solvent content of 40%. NMR experiments confirm the full-length protein was expressed and purified, but a number of residues are apparently missing from the N-terminus of the crystallized protein.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.497→30.5 Å / Num. obs: 12710 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/av σ(I): 28.4 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.497→1.554 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF PDB 2JRA

2jra


解像度: 1.5→30.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.241 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 623 4.9 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.175 12085 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.67 Å2 / Biso mean: 16.45 Å2 / Biso min: 5.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数648 0 10 45 703
Biso mean--26.04 27.82 -
残基数----82
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.022667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0282.044897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.436582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.30923.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05215137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.59156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4881.5410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8142661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6933257
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.6664.5235
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.6643667
LS精密化 シェル解像度: 1.498→1.536 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 53 -
Rwork0.215 826 -
all-879 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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