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- PDB-4yn0: Crystal structure of APP E2 domain in complex with DR6 CRD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yn0
タイトルCrystal structure of APP E2 domain in complex with DR6 CRD domain
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
キーワードApoptosis/Cell Adhesion / Alzheimer / Neuron pruning / Amyloid precursor protein / Apoptosis-Cell Adhesion complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / regulation of oligodendrocyte differentiation / ECM proteoglycans / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / regulation of oligodendrocyte differentiation / ECM proteoglycans / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G alpha (q) signalling events / negative regulation of myelination / G alpha (i) signalling events / Platelet degranulation / B cell apoptotic process / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / synaptic assembly at neuromuscular junction / axonal fasciculation / axo-dendritic transport / oligodendrocyte apoptotic process / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / nuclear envelope lumen / intracellular vesicle / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / signaling receptor activator activity / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / presynaptic active zone / humoral immune response / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / forebrain development / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / negative regulation of T cell proliferation / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / myelination / positive regulation of mitotic cell cycle / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cholesterol metabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / axonogenesis / dendritic shaft / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / memory / positive regulation of interleukin-6 production / long-term synaptic potentiation / cognition / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / endocytosis / neuron differentiation / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / apical part of cell / synaptic vesicle
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 21 / Tumor necrosis factor receptor 21, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 21, death domain / Amyloid precursor protein, E2 domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. ...Tumour necrosis factor receptor 21 / Tumor necrosis factor receptor 21, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 21, death domain / Amyloid precursor protein, E2 domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Death domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Death domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Death-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ribbon / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xu, K. / Nikolov, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of DR6 in complex with the amyloid precursor protein provides insight into death receptor activation.
著者: Xu, K. / Olsen, O. / Tzvetkova-Robev, D. / Tessier-Lavigne, M. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2015年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
B: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4275
ポリマ－47,9602
非ポリマー4673
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.320, 67.320, 226.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21 / Death receptor 6


分子量: 20702.660 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cysteine rich domain of mouse DR6 protein / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfrsf21, Dr6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9EPU5
#2: タンパク質 Amyloid beta A4 protein / ABPP / APP / Alzheimer disease amyloid A4 protein homolog / Amyloidogenic glycoprotein / AG


分子量: 27257.801 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 370-592 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: App / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12023
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 100mM Tris pH 8.6, 18% PEG 8000 / PH範囲: 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月22日
放射モノクロメーター: Se / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 29375 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.63
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→40.6 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1421 4.84 %Random selection
Rwork0.2259 ---
obs0.2269 29375 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2937 0 29 102 3068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.254082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8591170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27630.35341410.3212770X-RAY DIFFRACTION100
2.2763-2.36750.33071480.28892779X-RAY DIFFRACTION100
2.3675-2.47520.32731420.27772808X-RAY DIFFRACTION100
2.4752-2.60570.2811450.2592780X-RAY DIFFRACTION100
2.6057-2.76890.27461680.26462776X-RAY DIFFRACTION100
2.7689-2.98260.33311230.25822803X-RAY DIFFRACTION100
2.9826-3.28270.2931320.25872808X-RAY DIFFRACTION100
3.2827-3.75740.24861370.23812820X-RAY DIFFRACTION100
3.7574-4.73280.21051280.19422807X-RAY DIFFRACTION100
4.7328-40.60130.19481570.18832803X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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