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万見
- PDB-5o6y: Crystal structure of the Bc1960 peptidoglycan N-acetylglucosamine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6y
タイトルCrystal structure of the Bc1960 peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase in complex with 4-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-benzamide
要素(Peptidoglycan N-acetylglucosamine ...) x 2
キーワードHYDROLASE / inhibitor / complex / deacetylase / peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-benzamide / Chem-PE3 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase BC_1960
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Fadouloglou, V.E. / Kotsifaki, D. / Kokkinidis, M.
資金援助1件
組織認可番号国
European UnionInnovCrete
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Bc1960 peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase in complex with 4-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-benzamide
著者: Fadouloglou, V.E. / Kotsifaki, D. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Unusual alpha-Carbon Hydroxylation of Proline Promotes Active-Site Maturation.
著者: Fadouloglou, V.E. / Balomenou, S. / Aivaliotis, M. / Kotsifaki, D. / Arnaouteli, S. / Tomatsidou, A. / Efstathiou, G. / Kountourakis, N. / Miliara, S. / Griniezaki, M. / Tsalafouta, A. / ...著者: Fadouloglou, V.E. / Balomenou, S. / Aivaliotis, M. / Kotsifaki, D. / Arnaouteli, S. / Tomatsidou, A. / Efstathiou, G. / Kountourakis, N. / Miliara, S. / Griniezaki, M. / Tsalafouta, A. / Pergantis, S.A. / Boneca, I.G. / Glykos, N.M. / Bouriotis, V. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
B: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
C: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
D: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,51162
ポリマ－96,9944
非ポリマー5,51758
水13,475748
1
A: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,05818
ポリマ－24,2361
非ポリマー1,82117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,43020
ポリマ－24,2521
非ポリマー1,17719
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,90414
ポリマ－24,2521
非ポリマー1,65213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,11910
ポリマ－24,2521
非ポリマー8679
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.042, 93.042, 243.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
Peptidoglycan N-acetylglucosamine ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 24236.398 Da / 分子数: 1
変異: Post-translational modification P171PXU in the chains B, C and D
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
遺伝子: BC_1960 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q81EK9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質 Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 24252.398 Da / 分子数: 3 / 変異: post-translational midification of P171 to PXU / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
遺伝子: BC_1960 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q81EK9, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 10種, 806分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-5YA / 4-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-benzamide


分子量: 263.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13NO2
#5: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL


分子量: 634.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#10: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000 16-20%, ammonium sulfate 0.2M, sodium acetate buffer 0.1 M
PH範囲: 4.2-5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.77 Å / Num. obs: 38009 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.555 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.581 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 9.7 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.61.3640.8230.4511.4495.3
9.01-48.770.10.9650.0340.10699.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L1G

4l1g


解像度: 2.498→46.521 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 1886 4.99 %
Rwork0.1957 --
obs0.1988 37800 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→46.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6815 0 249 748 7812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5249758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7972586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4977-2.56520.32891190.25232481X-RAY DIFFRACTION91
2.5652-2.64070.29791400.22712737X-RAY DIFFRACTION100
2.6407-2.72590.30491640.22092693X-RAY DIFFRACTION100
2.7259-2.82330.25911220.21532761X-RAY DIFFRACTION100
2.8233-2.93640.28111350.21652744X-RAY DIFFRACTION100
2.9364-3.070.25761330.19882750X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.23180.27831490.19922759X-RAY DIFFRACTION100
3.2318-3.43420.2461600.1822736X-RAY DIFFRACTION100
3.4342-3.69930.23641680.17212770X-RAY DIFFRACTION100
3.6993-4.07140.22831630.16072779X-RAY DIFFRACTION100
4.0714-4.660.19021590.14482801X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.86930.21921520.1732847X-RAY DIFFRACTION100
5.8693-46.5290.24161220.23613056X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.7506 Å / Origin y: -2.7786 Å / Origin z: -30.5155 Å
111213212223313233
T0.1209 Å20.0327 Å20.0616 Å2-0.0048 Å2-0.0372 Å2---0.0245 Å2
L0.02 °2-0.0031 °2-0.0145 °2-0.0602 °20.0443 °2--0.0425 °2
S-0.0384 Å °0.0117 Å °-0.0118 Å °0.0419 Å °0.0596 Å °0.0303 Å °0.0351 Å °0.0367 Å °0.0139 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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