[日本語] English
万見
- PDB-4yhl: Reversal Agent for Dabigatran -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhl
タイトルReversal Agent for Dabigatran
要素
  • aDabi-Fab2b heavy chain
  • aDabi-Fab2b light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Dabigatran / Pradaxa / Antidote / Reversal Agent
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Schiele, F. / Nar, H.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: Structure-guided residence time optimization of a dabigatran reversal agent.
著者: Schiele, F. / van Ryn, J. / Litzenburger, T. / Ritter, M. / Seeliger, D. / Nar, H.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: aDabi-Fab2b heavy chain
L: aDabi-Fab2b light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7322
ポリマ－47,7322
非ポリマー00
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.694, 103.694, 84.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: 抗体 aDabi-Fab2b heavy chain


分子量: 23744.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#2: 抗体 aDabi-Fab2b light chain


分子量: 23987.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM PCB buffer (pH 6) and 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→51.85 Å / Num. obs: 30655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 39.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C1E

1c1e


解像度: 2.09→18.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9488 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 1542 5.04 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.1833 30575 99.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6822 Å20 Å20 Å2
2--4.6822 Å20 Å2
3----9.3644 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.232 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→18.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 0 326 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083414HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.074643HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1126SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes499HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3414HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.18
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion450SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4033SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 142 4.95 %
Rwork0.1959 2725 -
all0.1965 2867 -
obs--99.48 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る