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万見
- PDB-4yha: Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-Car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yha
タイトルCrystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase with methazolamide
要素Alpha-carbonic anhydrase
キーワードLYASE / zinc metalloenzyme / methazolamide
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MZM / carbonic anhydrase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Roujeinikova, A. / Modak, J.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase by Sulfonamides.
著者: Modakh, J.K. / Liu, Y.C. / Machuca, M.A. / Supuran, C.T. / Roujeinikova, A.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Structure summary
改定 2.02017年11月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / entity ...diffrn_source / entity / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-carbonic anhydrase
B: Alpha-carbonic anhydrase
C: Alpha-carbonic anhydrase
D: Alpha-carbonic anhydrase
E: Alpha-carbonic anhydrase
F: Alpha-carbonic anhydrase
G: Alpha-carbonic anhydrase
H: Alpha-carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,00734
ポリマ－216,0138
非ポリマー2,99526
水10,539585
1
A: Alpha-carbonic anhydrase
B: Alpha-carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6778
ポリマ－54,0032
非ポリマー6746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alpha-carbonic anhydrase
D: Alpha-carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8269
ポリマ－54,0032
非ポリマー8237
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Alpha-carbonic anhydrase
F: Alpha-carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7348
ポリマ－54,0032
非ポリマー7316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Alpha-carbonic anhydrase
H: Alpha-carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7709
ポリマ－54,0032
非ポリマー7667
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.450, 135.650, 166.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid A
41chain D and segid B
51chain E and segid A
61chain F and segid B
71chain G and segid A
81chain H and segid B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid AC0
411chain D and segid BD0
511chain E and segid AE0
611chain F and segid BF0
711chain G and segid AG0
811chain H and segid BH0

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Alpha-carbonic anhydrase


分子量: 27001.596 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: C694_06140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4NGD4, UniProt: A0A0M3KL20*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 611分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MZM / N-(3-methyl-5-sulfamoyl-1,3,4-thiadiazol-2(3H)-ylidene)acetamide / Methazolamide


分子量: 236.272 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8N4O3S2 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% (w/v) PEG 1.5K, 200 mM di-basic ammonium citrate, 2 mM Zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.2→166.58 Å / Num. all: 93672 / Num. obs: 93672 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 5.337 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 351477
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.323.80.2133.451944135620.1260.2135.397.7
2.32-2.463.80.1694.249173129000.10.1696.497.9
2.46-2.633.80.1345.246180121650.0790.1347.998.3
2.63-2.843.80.1046.242975113530.0620.1049.998.4
2.84-3.113.80.0866.839152104070.0520.0861298.6
3.11-3.483.70.0737.73528094740.0440.07314.498.7
3.48-4.023.70.0697.93082183310.0410.06916.498.6
4.02-4.923.60.0667.92511970710.040.06617.498.5
4.92-6.963.60.06481929753870.0390.06416.896.5
6.96-29.9033.80.068.81153630220.0360.0618.598

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G7A

4g7a


解像度: 2.2→29.903 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 4792 5.12 %
Rwork0.2077 88897 -
obs0.2119 93642 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 257.31 Å2 / Biso mean: 36.6055 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14581 0 150 585 15316
Biso mean--34.98 28.39 -
残基数----1782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45120584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0595658
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
12B8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
13C8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
14D8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
15E8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
16F8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
17G8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
18H8727X-RAY DIFFRACTION15.87TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.20010.34552470.3034450469792
2.238-2.27860.31632060.29464340454693
2.2786-2.32240.32782370.28984443468093
2.3224-2.36980.29082380.28584446468493
2.3698-2.42130.33122170.27524391460893
2.4213-2.47750.28352490.27734446469593
2.4775-2.53940.3012350.27624393462893
2.5394-2.6080.311940.28364474466894
2.608-2.68460.27442180.26524495471394
2.6846-2.77110.3032070.25784470467794
2.7711-2.870.28112240.24564464468894
2.87-2.98470.27772330.23984414464793
2.9847-3.12030.26212470.22334457470494
3.1203-3.28440.24752560.21774483473993
3.2844-3.48950.23212470.20074445469294
3.4895-3.75790.21192580.18284439469793
3.7579-4.13420.20382350.16624459469493
4.1342-4.72820.17562710.14524490476193
4.7282-5.9410.22142090.1554357456691
5.941-23.44050.23972750.1784541481694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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