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万見
- PDB-4yg4: HipB-O1-O1* complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yg4
タイトルHipB-O1-O1* complex
要素
  • Antitoxin HipB
  • DNA (28-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / persistence / multidrug resistance / transcription / higher-order complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HipB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: HipBA-promoter structures reveal the basis of heritable multidrug tolerance.
著者: Schumacher, M.A. / Balani, P. / Min, J. / Chinnam, N.B. / Hansen, S. / Vulic, M. / Lewis, K. / Brennan, R.G.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin HipB
B: Antitoxin HipB
T: DNA (28-MER)
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
C: Antitoxin HipB
D: Antitoxin HipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9776
ポリマ－46,9776
非ポリマー00
水00
1
A: Antitoxin HipB
B: Antitoxin HipB
T: DNA (28-MER)
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')

A: Antitoxin HipB
B: Antitoxin HipB
T: DNA (28-MER)
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7128
ポリマ－61,7128
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
2
C: Antitoxin HipB
D: Antitoxin HipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1202
ポリマ－16,1202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.650, 69.800, 78.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Antitoxin HipB


分子量: 8060.239 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-74 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hipB, b1508, JW1501 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23873
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8593.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6142.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 27% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.5 / PH範囲: 6-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→78.3 Å / Num. all: 6970 / Num. obs: 6721 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DNV

3dnv


解像度: 3.5→78.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 1075 15.4 %
Rwork0.2666 5646 -
obs-6721 96.4 %
溶媒の処理Bsol: 119.879 Å2
原子変位パラメータBiso max: 241.67 Å2 / Biso mean: 163.0347 Å2 / Biso min: 83.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--51.724 Å20 Å2-23.911 Å2
2--43.994 Å20 Å2
3---7.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→78.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 978 0 0 3196
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.359
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.7111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.9352
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.0382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.4392.5
LS精密化 シェル最高解像度: 3.5 Å / Rfactor Rwork: 0.38
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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