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万見
- PDB-4yen: Room temperature X-ray diffraction studies of cisplatin binding t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yen
タイトルRoom temperature X-ray diffraction studies of cisplatin binding to HEWL in DMSO media after 14 months of crystal storage - new refinement
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / Re-refinement of 4G4A / Cisplatin / Metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin.
著者: Shabalin, I. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Room-temperature X-ray diffraction studies of cisplatin and carboplatin binding to His15 of HEWL after prolonged chemical exposure.
著者: Tanley, S.W. / Schreurs, A.M. / Kroon-Batenburg, L.M. / Helliwell, J.R.
履歴
登録2015年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32015年11月4日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.82024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9779
ポリマ－14,3311
非ポリマー6468
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.113, 79.113, 37.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-337-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 4.7
詳細: HEWL co-crystallized with cisplatin with 5% DMSO media in 1 mL 10% sodium chloride + 1 ml 0.04 M sodium acetate, pH 4.7

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月25日
放射モノクロメーター: confocal mirror optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 8602 / Num. obs: 8602 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.086 / Χ2: 0.905 / Net I/av σ(I): 19.439 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 68208
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.035.60.5712.74110.8650.2640.630.691100
2.03-2.075.70.4694140.8890.2140.5160.701100
2.07-2.115.80.434270.8990.1930.4720.744100
2.11-2.1560.3254130.9330.1460.3570.753100
2.15-2.26.10.3384180.9440.1480.370.727100
2.2-2.256.20.2984260.9690.130.3260.772100
2.25-2.316.40.2564170.9620.110.2790.73100
2.31-2.376.50.2664180.970.1120.290.801100
2.37-2.446.90.2554160.9680.1040.2760.816100
2.44-2.527.60.2234270.970.0860.2390.915100
2.52-2.617.80.2024180.9860.0770.2161.002100
2.61-2.717.90.1634390.9860.0620.1750.995100
2.71-2.848.10.1474210.9890.0540.1570.974100
2.84-2.998.30.1314230.9920.0480.141.019100
2.99-3.178.40.0974420.9950.0350.1041.085100
3.17-3.4290.0774270.9970.0270.0821.088100
3.42-3.769.70.064460.9980.020.0631.042100
3.76-4.3111.90.0524420.9990.0160.0551.065100
4.31-5.4312.40.0434560.9990.0120.0450.918100
5.43-50110.03150110.010.0330.75999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
APEXデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4G4A

4g4a
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1507 / WRfactor Rwork: 0.1277 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 6.737 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / SU Rfree: 0.1334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS This deposit resulted from an analysis of a number of PDB entries that contain cisplatin or carboplatin in complex ...詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS This deposit resulted from an analysis of a number of PDB entries that contain cisplatin or carboplatin in complex with proteins, conducted in the spirit of the Terwilliger-Bricogne motto advocating continuous improvement of the macromolecular models in the PDB (Acta Cryst. D70, 2533, 2014). Since the original data frames for this structure are available at the http://rawdata.chem.uu.nl server, they have been re-processed, and the new structure factors have been used for the present re-refinement. The coordinates originally deposited as 4G4A were used as the starting point for this independent re-refinement. The new model is based on data extending to higher resolution, includes some reinterpretation of the ligands, has lower R factors, and improved statistics describing the agreement with the experimental data.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1788 450 5.3 %RANDOM
Rwork0.1464 ---
obs0.1481 8107 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.67 Å2 / Biso mean: 28.046 Å2 / Biso min: 10.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数995 0 11 75 1081
Biso mean--41.28 37.58 -
残基数----129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9041395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06932142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3075130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3223.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3415164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5061510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9061.515517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9051.513516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.542.268645
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.9950.11
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded30.5270.16
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 28 -
Rwork0.177 576 -
all-604 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.812-0.0917-0.48623.312-0.01722.0818-0.07920.0256-0.3131-0.18070.0876-0.16050.22030.0952-0.00850.0883-0.00580.02970.0643-0.03950.1034-17.888-8.424-15.817
23.53982.0257-0.22163.71080.34031.4439-0.09210.0777-0.05790.00850.0757-0.0194-0.0410.00920.01640.08370.00620.00650.0792-0.0120.0913-22.3290.27-13.042
32.621.39250.58772.5785-0.10330.7990.1488-0.2126-0.04080.2181-0.1605-0.0161-0.0070.00540.01170.0973-0.01580.01940.08430.00440.0674-18.1393.087-2.72
45.1711-3.3548-3.11946.28384.26546.9954-0.01810.2038-0.3057-0.09740.00710.09270.1922-0.16370.01110.1193-0.0189-0.02960.1009-0.00660.123-29.48-5.794-18.216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3A46 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4A112 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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