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- PDB-4y96: Crystal structure of Triosephosphate Isomerase from Gemmata obscu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y96
タイトルCrystal structure of Triosephosphate Isomerase from Gemmata obscuriglobus
要素Triosephosphate Isomerase
キーワードISOMERASE / TIM Barrel / TPI
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Gemmata obscuriglobus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.581 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia de Mexico166472 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia de Mexico99857 メキシコ
引用ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2015
タイトル: Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
著者: Romero-Romero, S. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Alejandro Fernandez-Velasco, D.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Data collection
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate Isomerase
B: Triosephosphate Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4138
ポリマ－54,1142
非ポリマー2996
水11,512639
1
A: Triosephosphate Isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,47610
ポリマ－54,1142
非ポリマー3628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
2
B: Triosephosphate Isomerase
ヘテロ分子

B: Triosephosphate Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3506
ポリマ－54,1142
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.778, 124.778, 134.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-430-

HOH

21A-449-

HOH

31A-467-

HOH

41A-691-

HOH

51B-447-

HOH

61B-449-

HOH

71B-455-

HOH

81B-468-

HOH

91B-475-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate Isomerase


分子量: 27056.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Expression tag: GSH
由来: (組換発現) Gemmata obscuriglobus (バクテリア)
株: UQM 2246 / 遺伝子: tim / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: A0A0M3KL18*PLUS, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月13日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→36.36 Å / Num. obs: 81335 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 19.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
CrystalClearデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B9B

1b9b


解像度: 1.581→36.36 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 4125 5.08 %
Rwork0.1772 --
obs0.1784 81277 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.581→36.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3732 0 14 639 4385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1385266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6981410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.581-1.59930.25041090.23052693X-RAY DIFFRACTION98
1.5993-1.61880.2671450.21982703X-RAY DIFFRACTION99
1.6188-1.63930.26621440.21692671X-RAY DIFFRACTION99
1.6393-1.66090.22391560.21042671X-RAY DIFFRACTION99
1.6609-1.68360.23491500.19952711X-RAY DIFFRACTION99
1.6836-1.70770.26691230.2042725X-RAY DIFFRACTION99
1.7077-1.73310.22171660.20062650X-RAY DIFFRACTION99
1.7331-1.76020.25161290.20272717X-RAY DIFFRACTION99
1.7602-1.78910.23271570.20212660X-RAY DIFFRACTION99
1.7891-1.81990.20481540.19282674X-RAY DIFFRACTION99
1.8199-1.8530.24721390.19542684X-RAY DIFFRACTION98
1.853-1.88870.23061460.19212695X-RAY DIFFRACTION98
1.8887-1.92720.24691140.1922696X-RAY DIFFRACTION98
1.9272-1.96910.19841610.18972665X-RAY DIFFRACTION98
1.9691-2.01490.18621530.18782662X-RAY DIFFRACTION98
2.0149-2.06530.21651460.18032639X-RAY DIFFRACTION97
2.0653-2.12110.20181420.18072674X-RAY DIFFRACTION97
2.1211-2.18360.18021320.18192690X-RAY DIFFRACTION97
2.1836-2.2540.18491470.17332635X-RAY DIFFRACTION96
2.254-2.33460.21091330.18362649X-RAY DIFFRACTION96
2.3346-2.4280.19511540.17472639X-RAY DIFFRACTION96
2.428-2.53850.23151550.18492620X-RAY DIFFRACTION95
2.5385-2.67230.20011360.17682632X-RAY DIFFRACTION95
2.6723-2.83970.21491330.19042633X-RAY DIFFRACTION94
2.8397-3.05880.19771540.16962605X-RAY DIFFRACTION94
3.0588-3.36640.20041360.17282611X-RAY DIFFRACTION93
3.3664-3.85310.14411420.15232596X-RAY DIFFRACTION92
3.8531-4.85270.16631400.14322597X-RAY DIFFRACTION90
4.8527-36.36930.24411290.18522655X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 74.4248 Å / Origin y: -14.3477 Å / Origin z: 2.1757 Å
111213212223313233
T0.1603 Å2-0.0091 Å2-0.0158 Å2-0.1027 Å20.0107 Å2--0.1404 Å2
L0.1522 °20.0052 °2-0.0932 °2-0.3104 °2-0.052 °2--0.2552 °2
S0.0331 Å °0.0195 Å °-0.0745 Å °0.0647 Å °-0.1104 Å °-0.0485 Å °0.0632 Å °-0.0254 Å °-0.104 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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