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- PDB-4y7o: T6SS protein TssM C-terminal domain (869-1107) from EAEC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y7o
タイトルT6SS protein TssM C-terminal domain (869-1107) from EAEC
要素
  • Type VI secretion protein IcmF
  • Type VI secretion system protein VasD
キーワードSIGNALING PROTEIN / Type 6 secretion system / Alpha-beta fold / periplasmic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VI secretion system, lipoprotein SciN / Type VI secretion system IcmF, C-terminal / Type VI secretion protein IcmF C2-like domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Type VI secretion protein IcmF / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 1-176-05_S3_C1 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Durand, E. / Roussel, A. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Nature / : 2015
タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion membrane core complex.
著者: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick ...著者: Eric Durand / Van Son Nguyen / Abdelrahim Zoued / Laureen Logger / Gérard Péhau-Arnaudet / Marie-Stéphanie Aschtgen / Silvia Spinelli / Aline Desmyter / Benjamin Bardiaux / Annick Dujeancourt / Alain Roussel / Christian Cambillau / Eric Cascales / Rémi Fronzes /
要旨: Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence ...Bacteria share their ecological niches with other microbes. The bacterial type VI secretion system is one of the key players in microbial competition, as well as being an important virulence determinant during bacterial infections. It assembles a nano-crossbow-like structure in the cytoplasm of the attacker cell that propels an arrow made of a haemolysin co-regulated protein (Hcp) tube and a valine-glycine repeat protein G (VgrG) spike and punctures the prey's cell wall. The nano-crossbow is stably anchored to the cell envelope of the attacker by a membrane core complex. Here we show that this complex is assembled by the sequential addition of three type VI subunits (Tss)-TssJ, TssM and TssL-and present a structure of the fully assembled complex at 11.6 Å resolution, determined by negative-stain electron microscopy. With overall C5 symmetry, this 1.7-megadalton complex comprises a large base in the cytoplasm. It extends in the periplasm via ten arches to form a double-ring structure containing the carboxy-terminal domain of TssM (TssMct) and TssJ that is anchored in the outer membrane. The crystal structure of the TssMct-TssJ complex coupled to whole-cell accessibility studies suggest that large conformational changes induce transient pore formation in the outer membrane, allowing passage of the attacking Hcp tube/VgrG spike.
履歴
登録2015年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type VI secretion protein IcmF
B: Type VI secretion protein IcmF
C: Type VI secretion system protein VasD
D: Type VI secretion system protein VasD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2288
ポリマ-86,9674
非ポリマー2624
6,828379
1
A: Type VI secretion protein IcmF
C: Type VI secretion system protein VasD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6805
ポリマ-43,4832
非ポリマー1963
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
2
B: Type VI secretion protein IcmF
D: Type VI secretion system protein VasD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5493
ポリマ-43,4832
非ポリマー651
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.470, 85.470, 256.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Type VI secretion protein IcmF


分子量: 26508.033 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 868-1107 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 1-176-05_S3_C1 (大腸菌)
遺伝子: AB98_0769 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A017IZH1, UniProt: A0A0M3KL17*PLUS
#2: タンパク質 Type VI secretion system protein VasD


分子量: 16975.258 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : EA 17.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H4VA93
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.75 / 詳細: 0.05M ZnCl2, 15% PEG6000 and 0.1 NaAc pH 4.75.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 1 crystal
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 46408 / Num. obs: 46408 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 54.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y7L
解像度: 2.24→49.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9344 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 2321 5 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2047 46407 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9137 Å20 Å20 Å2
2---4.9137 Å20 Å2
3---9.8273 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.321 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.24→49.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5518 0 4 379 5901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015643HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.197711HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1848SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes828HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5643HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion758SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6450SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 151 5.01 %
Rwork0.2209 2864 -
all0.2224 3015 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1563-0.2830.07750.40030.130700.00010.0043-0.0058-0.00280.00270.00110.0062-0.0016-0.0028-0.0664-0.0564-0.0073-0.0304-0.06960.089622.0968-24.0964-0.7914
20.90860.16680.0490.21310.22480.04090.0051-0.0072-0.05740.02410.00120.00350.0173-0.0028-0.0063-0.0308-0.1399-0.0292-0.05720.03530.109234.77-14.407315.0379
300.05750.10640.04570.15130.0206-0.0016-0.00410.0012-0.00490.0050.0016-0.0003-0.0008-0.0034-0.0106-0.04980.0409-0.0602-0.05310.064138.397-11.97764.8041
40.12530.0697-0.15840.00540.22960.0261-0.00050.01100.0033-0.0047-0.00940.0071-0.00170.0052-0.0763-0.1070.0620.0054-0.05340.059333.8428-15.3321-3.257
50.06740.05870.10900.015800.00050.0056-0.0031-0.00490.0002-0.002-0.0042-0.0009-0.0007-0.0197-0.0404-0.01540.008-0.02650.003524.7222-13.0637-8.526
600.08650.01460.1534-0.26720.06390.00060.00010.0019-0.0001-0.0005-0.0012-0.0067-0.0011-0.0001-0.007-0.0408-0.0314-0.00360.00840.013123.901-5.2759-6.1704
70.00180.19570.12840-0.007900.00170.0023-0.0004-0.0116-0.00350.0028-0.0032-0.00170.0017-0.0246-0.0238-0.0180.0081-0.01790.024514.349-15.1016-9.6681
80.2473-0.44760.93731.18980.66650.50180.00170.0027-0.023-0.00220.01510.0417-0.02870.0164-0.0168-0.068-0.1233-0.00540.0112-0.03540.052530.2129-6.38343.5547
90.04210.0779-0.28960.148-0.27750.1494-0.00370.0102-0.01590.00760.0008-0.0086-0.0227-0.00850.00290.0272-0.0620.0750.0255-0.0125-0.058341.994911.564313.1666
100.60870.2655-0.19870.1577-0.18440.0096-0.0036-0.0013-0.00980.03120.01080.0044-0.0435-0.018-0.00710.0647-0.04840.0744-0.0064-0.076-0.058844.295913.59626.3005
1100.3492-0.55480.0853-0.2820.2227-0.00030.0052-0.01790.0036-0.001-0.0154-0.0180.00930.00120.0284-0.0580.0444-0.0044-0.0191-0.028948.788113.825122.1219
120.0270.1888-0.20640.0428-0.11840.25240.00060.0071-0.001-0.0019-0.002-0.004-0.0055-0.00020.00130.0642-0.03340.0418-0.0241-0.0218-0.038544.942621.521616.4454
130-0.3844-0.05440.07220.06640.3238-0.0017-0.0026-0.01690.00030.0022-0.0029-0.0150.0065-0.00050.0013-0.01150.080.0302-0.0596-0.030647.69623.745512.8464
140.81330.7440.03290.00510.20110.08090.0023-0.0054-0.01930.0071-0.004-0.0102-0.01340.00680.00160.0106-0.03250.02980.0309-0.034-0.044846.14297.182228.0102
1500.421-0.21480.0423-0.42030.37250.0017-0.00770.00150.00360.0018-0.0041-0.00090.0049-0.00350.0375-0.00880.05460.0289-0.0055-0.066443.18468.724734.3091
160.13280.1383-0.443300.18730.21980.0011-0.0109-0.015-0.0099-0.001-0.00060.00720.0024-0.0001-0.0214-0.06560.06050.02530.02730.001338.8615-0.672721.1907
170.1345-0.108-0.24070.03240.04490.0311-0.0010.00230.0014-0.0054-0.00120.0036-0.0048-0.00080.00220.00920.01370.03010.00180.01240.001228.807513.137215.994
180.4338-0.1366-0.17690.7572-0.08760.10180.0083-0.02010.00660.0031-0.0210.0287-0.0074-0.00190.01270.05450.00280.09680.0373-0.0235-0.094334.269612.674623.9579
190.0814-0.12660.19570.4027-0.01650.2713-0.00280.0095-0.01810.00890.01080.0176-0.0239-0.0092-0.0080.0375-0.00560.02790.01330.0201-0.053936.48119.503813.4385
200.814-0.1902-0.70370.16870.16820.0034-0.001-0.006-0.03630.01620.00430.0393-0.0078-0.016-0.0033-0.0605-0.13080.00270.01380.00410.048725.1457-11.40449.6873
210.0685-0.14690.31850.37360.018500.0002-0.0087-0.00030.0046-0.00460.0037-0.00080.01530.0044-0.02860.0546-0.019-0.03920.010.069979.8432-5.752811.0533
220.1219-0.08290.4440.31570.33550.0013-0.00270.0128-0.0509-0.0512-0.0135-0.01850.050.0180.01620.0252-0.00210.0896-0.0501-0.06370.0464.192-7.4617-4.7289
230.0293-0.16950.2480.0699-0.09510.0909-0.00340.00820.0029-0.00040.0009-0.0099-0.0059-0.00430.0024-0.0193-0.00130.0807-0.0286-0.01240.046359.5915-5.49825.1748
240.03010.0564-0.05250.2304-0.14380.10810.0004-0.0069-0.0040.0133-0.0010.00020.00420.00050.0006-0.03180.00060.0451-0.0120.02630.05664.7079-4.313813.3296
250.15940.09220.160.04710.10860.0003-0.0008-0.0056-0.0050.0044-0.0022-0.0036-0.0040.00010.003-0.016-0.0212-0.0348-0.00080.00290.014670.49373.359317.2337
2600.04640.21140.3912-0.14590-0.0005-0.0065-0.00140.004-0.00110.0038-0.00620.00470.0016-0.0132-0.0543-0.0345-0.0253-0.01540.026367.53659.316414.2855
270.05320.06050.048200.02370.0164-0.001-0.00080.00170.00410.00160.002300.0007-0.0006-0.0001-0.0044-0.02090.010.01380.010681.74945.700717.6642
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290.0034-0.23080.12380.10170.1140.0824-0.0039-0.0007-0.0137-0.0098-0.00530.0114-0.0052-0.00530.00920.0042-0.01270.02180.0438-0.1083-0.056543.85739.9907-6.8375
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320.0399-0.1365-0.193300.12380.16020.0003-0.0008-0.0030.00440.00070.0063-0.0041-0.003-0.0010.00340.04630.00540.0271-0.0532-0.033635.651815.559-11.5173
330-0.1248-0.17860.09290.13040.0811-0.0017-0.0114-0.0097-0.00180-0.0006-0.0009-0.01070.0017-0.0095-0.09870.05920.007-0.0453-0.015443.64120.6294-4.754
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390.0802-0.98480.30760.53450.84530.13620.0044-0.004-0.0151-0.0225-0.0189-0.0046-0.0104-0.01060.01450.0146-0.01730.0120.0275-0.1178-0.036949.594411.3801-7.2314
400.0310.16070.02550.4205-0.13310-0.00270.0123-0.0171-0.0225-0.0154-0.03570.00290.00630.0181-0.0390.00880.0547-0.0057-0.02260.048570.49681.1392-0.904
410.14850.8032-0.44050.81150.58920.6499-0.0018-0.00450.0019-0.0030.01350.0058-0.01220.0196-0.01170.0675-0.0856-0.0147-0.0303-0.1156-0.071951.310832.12131.8503
420.01660.3437-0.535700.2560.4541-0.00190.00860.00210.0012-0.0072-0.00430.00920.00420.00910.0168-0.07410.05280.0129-0.0316-0.033359.699132.403817.2409
430.09140.79970.19980.01981.06710.2954-0.00020.00450.0039-0.0015-0.0085-0.03390.00240.01190.00880.0255-0.0534-0.0027-0.0104-0.0863-0.045559.222128.930132.2216
4400.8446-0.03370.04510.05970.19340.00150.00150.0285-0.00570.0065-0.01050.00690.0118-0.0080.088-0.0828-0.0231-0.0431-0.0218-0.066553.361835.251121.8616
4500.48250.22190.57610.27510-0.0021-0.01220.0108-0.01470.00190.0067-0.0130.03080.00020.0424-0.1077-0.0496-0.0816-0.063-0.004757.053540.906131.6122
460.1889-0.4211-0.11470.00090.26260.0012-0.00030.00990.0089-0.0171-0.00130.00150.0023-0.00920.00160.00720.10750.0260.0206-0.005-0.0426.458216.8529-27.2666
470.05730.1997-0.167200.05070.1880.001-0.0052-0.00520.00450.00490.010.0132-0.0023-0.0059-0.01040.03680.020.0306-0.009-0.01416.766512.7871-12.2173
480.02880.33060.15560-0.33930.27270.00120.0003-0.0024-0.0066-0.00920.01610.0079-0.00080.008-0.00340.0152-0.00380.02150.0092-0.033621.12129.3242-28.3568
490.1751-0.60.23480.00920.927800.0003-0.00010.00870.00190.01130.01590.0102-0.0071-0.0116-0.01030.09620.0050.0035-0.0448-0.013921.262920.0331-19.1613
500.2837-0.67980.204100.10560-0.00260.0079-0.0017-0.00930.00150.01060.0091-0.01410.0011-0.00650.0656-0.03170.0089-0.0055-0.014615.205319.6217-29.4514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|869 - A|880}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|881 - A|907}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|908 - A|915}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|916 - A|926}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|927 - A|934}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|935 - A|943}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|944 - A|950}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|951 - A|976}
9X-RAY DIFFRACTION9{A|977 - A|984}
10X-RAY DIFFRACTION10{A|985 - A|997}
11X-RAY DIFFRACTION11{A|998 - A|1005}
12X-RAY DIFFRACTION12{A|1006 - A|1010}
13X-RAY DIFFRACTION13{A|1011 - A|1019}
14X-RAY DIFFRACTION14{A|1020 - A|1031}
15X-RAY DIFFRACTION15{A|1032 - A|1040}
16X-RAY DIFFRACTION16{A|1041 - A|1054}
17X-RAY DIFFRACTION17{A|1055 - A|1061}
18X-RAY DIFFRACTION18{A|1062 - A|1077}
19X-RAY DIFFRACTION19{A|1078 - A|1092}
20X-RAY DIFFRACTION20{A|1093 - A|1107}
21X-RAY DIFFRACTION21{B|869 - B|880}
22X-RAY DIFFRACTION22{B|881 - B|907}
23X-RAY DIFFRACTION23{B|908 - B|915}
24X-RAY DIFFRACTION24{B|916 - B|926}
25X-RAY DIFFRACTION25{B|927 - B|934}
26X-RAY DIFFRACTION26{B|935 - B|943}
27X-RAY DIFFRACTION27{B|944 - B|950}
28X-RAY DIFFRACTION28{B|951 - B|976}
29X-RAY DIFFRACTION29{B|977 - B|984}
30X-RAY DIFFRACTION30{B|985 - B|997}
31X-RAY DIFFRACTION31{B|998 - B|1005}
32X-RAY DIFFRACTION32{B|1006 - B|1010}
33X-RAY DIFFRACTION33{B|1011 - B|1019}
34X-RAY DIFFRACTION34{B|1020 - B|1031}
35X-RAY DIFFRACTION35{B|1032 - B|1040}
36X-RAY DIFFRACTION36{B|1041 - B|1054}
37X-RAY DIFFRACTION37{B|1055 - B|1061}
38X-RAY DIFFRACTION38{B|1062 - B|1077}
39X-RAY DIFFRACTION39{B|1078 - B|1092}
40X-RAY DIFFRACTION40{B|1093 - B|1107}
41X-RAY DIFFRACTION41{C|23 - C|53}
42X-RAY DIFFRACTION42{C|54 - C|70}
43X-RAY DIFFRACTION43{C|78 - C|101}
44X-RAY DIFFRACTION44{C|102 - C|123}
45X-RAY DIFFRACTION45{C|124 - C|152}
46X-RAY DIFFRACTION46{D|25 - D|53}
47X-RAY DIFFRACTION47{D|54 - D|79}
48X-RAY DIFFRACTION48{D|80 - D|101}
49X-RAY DIFFRACTION49{D|104 - D|123}
50X-RAY DIFFRACTION50{D|124 - D|150}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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