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- PDB-4y1j: Lactococcus lactis yybP-ykoY Mn riboswitch A41U binding site muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y1j
タイトルLactococcus lactis yybP-ykoY Mn riboswitch A41U binding site mutant in presence of Mn2+
要素yybP-ykoY riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / manganese-binding / mutant
機能・相同性GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Price, I.R. / Ke, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086766 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 102543 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Mn(2+)-Sensing Mechanisms of yybP-ykoY Orphan Riboswitches.
著者: Price, I.R. / Gaballa, A. / Ding, F. / Helmann, J.D. / Ke, A.
履歴
登録2015年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: yybP-ykoY riboswitch
B: yybP-ykoY riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,74880
ポリマ－64,5622
非ポリマー6,18678
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16120 Å2
ΔGint-2064 kcal/mol
Surface area31330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.419, 62.510, 69.969
Angle α, β, γ (deg.)116.21, 101.83, 98.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖 yybP-ykoY riboswitch


分子量: 32281.215 Da / 分子数: 2 / 変異: A41U / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1-0.2 mM RNA in 10 mM Na Cacodylate pH 7, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 2.5 mM MnCl2. Crystallized in about 2 months with a mother liquor of 40 mM Na cacodylate pH 6, 15% MPD, 80 mM SrCl2, 12 mM ...詳細: 0.1-0.2 mM RNA in 10 mM Na Cacodylate pH 7, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 2.5 mM MnCl2. Crystallized in about 2 months with a mother liquor of 40 mM Na cacodylate pH 6, 15% MPD, 80 mM SrCl2, 12 mM spermine tetra-HCl at 21 C. Crystals were cryo-protected by addition of 20% PEG-400 directly before freezing.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.769 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.769 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→47.4 Å / Num. obs: 32334 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1555)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1555)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→47.4 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.44 / 位相誤差: 32.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 1742 5.55 %
Rwork0.1993 --
obs0.2017 29646 89.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4280 140 209 4629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0387574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7592420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.33010.40251350.32732319X-RAY DIFFRACTION88
2.4-2.49130.38431400.3022374X-RAY DIFFRACTION90
2.4913-2.5910.42641360.31412369X-RAY DIFFRACTION90
2.591-2.70890.33671320.31252262X-RAY DIFFRACTION86
2.7089-2.85170.33691470.29382460X-RAY DIFFRACTION92
2.8517-3.03040.29311450.25512460X-RAY DIFFRACTION94
3.0304-3.26440.27741440.21872453X-RAY DIFFRACTION93
3.2644-3.59280.22661360.19482310X-RAY DIFFRACTION87
3.5928-4.11260.20741480.16132523X-RAY DIFFRACTION95
4.1126-5.18080.18421400.15122384X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -39.1649 Å / Origin y: -10.1398 Å / Origin z: 10.1027 Å
111213212223313233
T0.3538 Å20.0131 Å2-0.0083 Å2-0.3705 Å2-0.0204 Å2--0.4491 Å2
L0.5846 °20.0911 °2-0.0448 °2-0.1431 °2-0.0559 °2--0.5529 °2
S-0.0243 Å °0.0063 Å °-0.0657 Å °-0.0363 Å °0.0136 Å °0.0057 Å °0.0459 Å °-0.0519 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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