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万見
- PDB-4xzj: Crystal structure of ADP-ribosyltransferase Vis in complex with NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xzj
タイトルCrystal structure of ADP-ribosyltransferase Vis in complex with NAD
要素Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio splendidus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pfoh, R. / Ravulapalli, R. / Merrill, A.R. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Characterization of Vis Toxin, a Novel ADP-Ribosyltransferase from Vibrio splendidus.
著者: Ravulapalli, R. / Lugo, M.R. / Pfoh, R. / Visschedyk, D. / Poole, A. / Fieldhouse, R.J. / Pai, E.F. / Merrill, A.R.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7002
ポリマ－27,0371
非ポリマー6631
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.700, 52.000, 100.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis / Putative mono(ADP-ribosyl)transferase / mART / Toxin Vis


分子量: 27037.045 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio splendidus (バクテリア) / 遺伝子: V12B01_18061 / プラスミド: pet 28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A3UNN4, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1 M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月29日
放射モノクロメーター: multi-layer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 23562 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6.25 % / Rmerge(I) obs: 0.0445 / Net I/σ(I): 25.84
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.24 % / Rmerge(I) obs: 0.1799 / Mean I/σ(I) obs: 8.67 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.7.0029精密化
SHELX位相決定
PHASER2.5.1位相決定
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y1W

4y1w


解像度: 1.8→18.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2105 / WRfactor Rwork: 0.1802 / FOM work R set: 0.8824 / SU B: 4.226 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1222 / SU Rfree: 0.1147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 1191 5.1 %RANDOM
Rwork0.1751 22333 --
obs0.1767 23524 94.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.56 Å2 / Biso mean: 23.386 Å2 / Biso min: 13.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→18.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 44 145 1945
Biso mean--18.38 27.47 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191913
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9732619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76834100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8325243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.0624.45792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92715324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9981512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 82 -
Rwork0.212 1551 -
all-1633 -
obs--91.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6722-0.0484-0.00080.04620.08540.3666-0.0584-0.05870.0637-0.0330.02620.0057-0.04740.04880.03220.0418-0.0113-0.01340.01570.00260.02229.343347.5198.1599
20.40030.01710.080.3233-0.08630.4468-0.018-0.00260.0015-0.02680.0020.00110.0189-0.00640.0160.02740.00060.00590.0002-0.0010.01370.984336.903113.1626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2A110 - 700

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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