[日本語] English
万見
- PDB-3ney: Crystal structure of the kinase domain of MPP1/p55 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ney
タイトルCrystal structure of the kinase domain of MPP1/p55
要素55 kDa erythrocyte membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / structural genomics consortium / sgc / 55 kDa erythrocyte membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil chemotaxis / GMP kinase activity / stereocilium / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / cortical cytoskeleton / centriolar satellite / cell-cell junction / signaling receptor binding / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MPP1, SH3 domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase ...MPP1, SH3 domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
55 kDa erythrocyte membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Shen, Y. / Tong, Y. / Zhong, N. / Guan, X. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Shen, Y. / Tong, Y. / Zhong, N. / Guan, X. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the kinase domain of MPP1/p55
著者: Shen, Y. / Tong, Y. / Zhong, N. / Guan, X. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Data collection
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 55 kDa erythrocyte membrane protein
B: 55 kDa erythrocyte membrane protein
C: 55 kDa erythrocyte membrane protein
D: 55 kDa erythrocyte membrane protein
F: 55 kDa erythrocyte membrane protein
E: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,51449
ポリマ－135,3626
非ポリマー1,15343
水3,621201
1
A: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,75210
ポリマ－22,5601
非ポリマー1929
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,94511
ポリマ－22,5601
非ポリマー38410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7528
ポリマ－22,5601
非ポリマー1927
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7528
ポリマ－22,5601
非ポリマー1927
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
F: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6566
ポリマ－22,5601
非ポリマー965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: 55 kDa erythrocyte membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6566
ポリマ－22,5601
非ポリマー965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.088, 131.562, 237.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
55 kDa erythrocyte membrane protein / p55 / Membrane protein / palmitoylated 1


分子量: 22560.275 Da / 分子数: 6 / 断片: Kinase domain, residues 282-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPP1, DXS552E, EMP55 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q00013
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 31 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.01M magnesium chloride, 0.1M sodium cacodylate. The sample solution also contained 0.002M GDP, 0.002M ADP, 0.005M magnesium chloride. Crystal growth was incubated for ...詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.01M magnesium chloride, 0.1M sodium cacodylate. The sample solution also contained 0.002M GDP, 0.002M ADP, 0.005M magnesium chloride. Crystal growth was incubated for 5 months., pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 106079 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Χ2: 1.672 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.334.90.963103301.259198.7
2.33-2.425.70.931104451.271199.9
2.42-2.536.10.765104921.2851100
2.53-2.676.30.625105561.3571100
2.67-2.836.30.441105151.4331100
2.83-3.056.30.279105731.6481100
3.05-3.366.30.164106141.7021100
3.36-3.856.20.099106501.8881100
3.85-4.846.10.076107802.5961100
4.84-4060.057111242.1061100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1KGD

1kgd


解像度: 2.26→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 5.899 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. PHENIX, COOT and the molprobity server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2121 2.009 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.236 105554 99.254 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.158 Å20 Å20 Å2
2--0.399 Å20 Å2
3---1.759 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8355 0 91 201 8647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.95311779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.866314046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03251091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17224.795415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.167151410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2961541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8941.55398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1671.52162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74628735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58133264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3544.53032
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.26-2.31800.3217295775594.068
2.318-2.3810.3661920.317288751599.534
2.381-2.450.3271780.2847101729799.753
2.45-2.5250.3261730.2676958714599.804
2.525-2.6070.2951610.2576774694699.842
2.607-2.6980.293530.2526615668899.701
2.698-2.7990.292940.2476365647699.737
2.799-2.9120.261310.2326102625599.648
2.912-3.040.2621450.2275836600399.634
3.04-3.1870.2931230.2335597573999.669
3.187-3.3570.2671980.2325257547999.562
3.357-3.5580.254980.2165100521699.655
3.558-3.80.246900.2114796490399.653
3.8-4.0990.223770.24466455599.737
4.099-4.4820.2241380.1884100425399.647
4.482-4.9970.179500.1823786385099.636
4.997-5.7440.27710.2353358345199.363
5.744-6.9710.33730.2922875296099.595
6.971-9.6030.229470.2472301236399.365
9.603-300.456290.2671463149899.599

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る