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- PDB-4dq0: The crystal structure of tellurite resistance protein from Escher... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dq0 | ||||||
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Title | The crystal structure of tellurite resistance protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai | ||||||
![]() | Tellurite resistance protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | ![]() tellurite methyltransferase / response to tellurium ion / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of tellurite resistance protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai Authors: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 329.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 270.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2xvmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Details | Experimentally unknown. The protein is predicted to be monomeric. |
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Components
#1: Protein | Mass: 22707.844 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NHE / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 0.1M CHES:NaOH, 30% (w/v) PEG3000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→37 Å / Num. all: 42669 / Num. obs: 42669 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2075 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY: 2XVM Resolution: 2.199→36.992 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.067 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.199→36.992 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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