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- PDB-4ozx: Crystal Structure of the alginate lyase from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozx
タイトルCrystal Structure of the alginate lyase from Klebsiella pneumoniae
要素Alginate lyase
キーワードLYASE (リアーゼ) / beta-jelly roll fold / alginate (アルギン酸) / mannuronate / guluronate / polysaccharide lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)13337 カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the alginate lyase from Klebsiella pneumoniae
著者: Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.
履歴
登録2014年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation_author.ordinal ..._citation.journal_id_CSD / _citation_author.ordinal / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3041
ポリマ－31,3041
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.299, 95.299, 67.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

HOH

21A-436-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase / Poly(beta-D-mannuronate) lyase / Poly(mana) alginate lyase


分子量: 31303.805 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: alyA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP
参照: UniProt: Q59478, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 28939 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24 % / Biso Wilson estimate: 29.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 24.74
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.621

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20.27 Å
Translation2.5 Å20.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→47.649 Å / FOM work R set: 0.8725 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 3801 6.86 %
Rwork0.1771 51645 -
obs0.1791 55446 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.73 Å2 / Biso mean: 32.4 Å2 / Biso min: 16.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→47.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 0 0 183 2348
Biso mean----99999 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0673006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.448792
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.88-1.90450.28231420.25351858200097
1.9045-1.92960.28451340.230218812015100
1.9296-1.9560.24251460.218819502096100
1.956-1.9840.26831400.22119412081100
1.984-2.01360.24051340.199718952029100
2.0136-2.0450.24621440.20719232067100
2.045-2.07860.30291340.209418872021100
2.0786-2.11440.21541480.198719342082100
2.1144-2.15290.23761380.19318972035100
2.1529-2.19430.22731500.185419232073100
2.1943-2.2390.18521420.183919092051100
2.239-2.28770.22051340.185819532087100
2.2877-2.34090.18861400.179518712011100
2.3409-2.39950.21951420.190319252067100
2.3995-2.46440.23681540.193819072061100
2.4644-2.53690.2641460.194919282074100
2.5369-2.61880.2171280.181719012029100
2.6188-2.71230.21441420.197419372079100
2.7123-2.82090.19861400.200418702010100
2.8209-2.94930.26881300.199719442074100
2.9493-3.10480.23451460.192819092055100
3.1048-3.29920.17381520.188319202072100
3.2992-3.55390.20361400.172619022042100
3.5539-3.91140.211350.173519282063100
3.9114-4.4770.12631360.140619172053100
4.477-5.63910.16451380.135119122050100
5.6391-47.66480.20851460.156119232069100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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