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- PDB-4xyp: Crystal structure of a piscine viral fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xyp
タイトルCrystal structure of a piscine viral fusion protein
要素Fusion protein
キーワードVIRAL PROTEIN / heptad repeat / 6-helix bundle / class I viral fusion protein
機能・相同性Fusion glycoprotein F0, Isavirus / Fusion glycoprotein F0, Isavirus / membrane / 3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM / Fusion protein / Fusion protein
機能・相同性情報
生物種Infectious salmon anemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cook, J.D. / Lee, J.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN435607-13 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Electrostatic Architecture of the Infectious Salmon Anemia Virus (ISAV) Core Fusion Protein Illustrates a Carboxyl-Carboxylate pH Sensor.
著者: Cook, J.D. / Soto-Montoya, H. / Korpela, M.K. / Lee, J.E.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references / Other
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2674
ポリマ－7,9121
非ポリマー3553
水1086
1
A: Fusion protein
ヘテロ分子

A: Fusion protein
ヘテロ分子

A: Fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,80212
ポリマ－23,7363
非ポリマー1,0669
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.874, 42.874, 232.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

CL

21A-403-

CL

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein


分子量: 7912.075 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 156-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious salmon anemia virus (ウイルス)
プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5RD79, UniProt: C6F339*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MBT / 3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM / METHYLENE BLUE / 3-(ジメチルイミニオ)-7-(ジメチルアミノ)-3H-フェノチアジン


分子量: 284.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N3S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1:1 volume ratio of 30mg/mL protein solution and 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 2 mg/mL tetramethylthionine chloride and 50% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日 / 詳細: 9 CCDs, 9 tiled fiber-optic tapers
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.71 Å / Num. obs: 5037 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 33.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 23796
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.1-2.1640.4953.214533610.8330.24788.6
8.92-38.713.70.03627.8325870.9990.02393.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å38.71 Å
Translation2.1 Å38.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimless0.1.27データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.707 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2511 503 10 %Random selection
Rwork0.1958 4527 --
obs0.201 5030 97.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.88 Å2 / Biso mean: 45.5257 Å2 / Biso min: 23.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→38.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数529 0 22 6 557
Biso mean--36.85 47.95 -
残基数----70
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.234762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.676198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.31470.24411210.17061088120996
2.3147-2.64960.21731250.15711271252100
2.6496-3.33790.24191260.18891130125699
3.3379-38.7140.26711310.2151182131396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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